Величина прокариотских ћелија је обично у пречнику 0,2-2,0 микрометара док је еукариотска ћелија у пречнику 10-100 микрометара.
Еукариоти се називају „правим језгром“, јер садрже језгре везане за мембрану и састоје се од других органела као што су лизосоми, Голгијев комплекс, ендоплазматски ретикулум, митохондрије и хлоропласти, док прокариоти немају нуклеарну мембрану или друге мембране затворене органеле.
У прокариотима је флагеллум направљен од два грађевинска блока протеина; а ћелијска стијенка је хемијски сложена и направљена је од пептидогликана (једног великог полимера аминокиселина и шећера), док је еукариотеов флагеллум сложенији са више микротубула и када су присутни ћелијски зидови хемијски су једноставни.
Код прокариота дељење ћелија настаје бинарном фисијом и не долази до мејозе, већ се само пренос ДНК фрагмената врши коњугацијом. Ћелијска подела у еукариотама догађа се митозом, а сексуална репродукција кроз мејозу.
Код еукариота плазма мембрана се састоји од стерола и угљених хидрата. Цитоплазма се састоји од цитоскелета и присутна је струја цитоплазме. Рибосоми су већих (80С) и мањих (70С), а хромозоми су вишеструко и линеарно распоређени са хистонима. ДНК еукариота је много сложенији од ДНК прокариота.
Код прокариота плазма мембрана не садржи угљене хидрате или стероле. Цитоплазма нема цитоскететон нити цитоплазматски ток. Рибосоми су мањих димензија (70С) и присутни су са једним кружним хромосомом који не садржи хистоне.