Разлика између бактеријских транспоза и ретровирусних интеграза

Кључна разлика - бактеријска Транспозазе вс Ретровирусне интегразе
 

Преносиви генетски материјал развио се са две главне стратегије за прелазак из једног региона у други регион унутар и између генома. Један од метода је премештање кроз молекулу РНА пре формирања молекула ДНК, док други пут укључује ДНК интермедијаре. Транспозазе и вирусне интегразе су примери таквог преносивог генетског материјала. Бактеријске транспозе се везују за крај транспозона и олакшавају катализу преноса транспозона у други део генома помоћу различитих механизама. Ретровиралне интегразе су ензими који помажу у интеграцији генетског материјала ретровируса, попут ХИВ-а, у генетски материјал (ДНК) ћелије домаћина коју инфицира.. Ово је кључна разлика између бактеријских транспозаза и ретровирусних интеграза.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта су бактеријске транспозе
3. Шта су ретровирусне интегразе
4. Сличности између бактеријских транспоза и ретровирусних интеграза
5. Упоредна упоредба - Бактеријске транспозе и ретровирусне интегразе у табеларном облику
6. Резиме

Шта су бактеријске транспозе?

Транспозаза се може дефинисати као ензим везан за крај транспозона који кроз различите механизме олакшава катализу преноса транспозона у други део генома. Такви механизми укључују „механизам за резање и лепљење“ и „механизам за репликацију преноса“. Транспозаза је најпре уведена клонирањем ензима који су потребни за транспозицију Тн3 транспозона. Транспоабилни генетски елементи искористили су две важне стратегије за померање између генома или са једног места на друго. Транспорт путем интермедијара РНА пре синтезе копије ДНК је једна стратегија, док се друга везује само за ДНК интермедијаре. Реакције рекомбинације које су укључене у интеграцију оба елемента одвијају се због ензима специфичних за елементе. Тако су, на пример, ДНК елементи, ови ензими познати као транспозазе док су у примери РНА елементи познати као интегразе.

Када се упоређују разлике између обе стратегије транспозиције, чини се да је поступак уметања хемијски идентичан. Но, недавни докази сугеришу да се одређене сличности у механизму интеграције виде у областима секвенци аминокиселина које формирају активно место; ДДЕ мотив. Тренутно је класификовано пет породица транспоза, али број породица тек треба да се повећа са новим ликовима транспозе. Породице укључују ДДЕ транспозазу, тирозин (И) транспозазу, серин (С) транспозазу, транспозазу роллинг кружнице, реверзне транскриптазе / ендонуклезе (РТ / Ен) итд. Ове породице користе јединствене каталитичке механизме за разбијање и спајање ДНК. ДДЕ транспозаза укључује у механизам за сечење и лепљење оригиналног транспозона и садржи три сета сачуваних аминокиселина, наиме; аспартат (Д), аспартат (Д) и глутамат (Е). Транспоза тирозина такође укључује механизам сечења и лепљења коришћењем остатка тирозина који је специфичан за локацију.

Слика 01: Бактеријске транспозе

Серинске транспозе укључују интермедијер кружне ДНК и спроводе механизам резања и лепљења исто као што је горе наведено у породицама. Транспозаза ваљаног круга укључује механизам за копирање где се један правац директно копира у циљно место путем репликације ДНК. Ово осигурава да нит шаблона и копирани низ имају траку која је ново синтетизована. Транспозаза реверзних транскриптаза / ендонуклеаза има различите механизме за транспозицију.

Шта су ретровирусне интегразе?

У контексту ретровирусне интегразе, сматра се ретровирусним ензимом који помаже у интеграцији генетског материјала ретровируса, као што је ХИВ, у генетски материјал (ДНК) ћелије која је заражена. Ове ретровирусне интегразе најчешће се збуњују с фазним интеграцијама. Примери за фазне интегразе су λ фаге интегразе. Али ово су потпуно различити ензими и не треба их бркати. У погледу стварања ретро-вирусног прединтеграцијског комплекса, ретровирусна интеграза има велику улогу. Ретровирални интегразни протеини се обично састоје од три (03) канонске домене. Ови домени су повезани флексибилним везама.

Три домена обухватају Н терминални цинк-везујући домен где су три спирална снопа повезана и стабилизована координацијом уз учешће Зн²⁺ катион, РНасе Х преклопљени домен каталитичког језгра и Ц терминални ДНК везујући домен, који је СХ3 прегиб. Истраживањем и путем биохемијских и структурних информација, сугерише да ретровирусна интеграза има способност да делује као димер димера (тетрамер). У контексту мултимеризације и везивања за вирусну ДНК, сва три домена протеина ретровирусне интегразе. Главна функција ретровирусне интегразе је да уметне свој генетски материјал да угости ДНК. Овај корак је најважнији корак у вирусној репликацији вируса ХИВ-а. Када се успешно интегрише, биће тамо у хромосомској ДНК ћелије остатак свог животног века.

Слика 02: Ретровирусне интегразе

Стога, једном интегрисано ћелијом нема повратка. Ове ретровирусне интеграције укључују у катализирање две главне реакције, укључујући 3-крајњу обраду и ковалентну лигацију. Током 3 'крајње обраде, 2-3 нуклеотида са оба 3' краја вирусне ДНК се уклањају са намером да открију ЦА динуклеотиде 3 'краја вирусне ДНК, а током ковалентне лигације, обрађени 3' крајеви вирусна ДНК се ковалентно веже у хромосомску ДНК домаћина.

Која је сличност између бактеријских транспоза и ретровирусних интеграза?

• И бактеријске транспозе и ретровирусне интегразе имају сличне секвенце аминокиселина.

Која је разлика између бактеријских транспозаза и ретровирусних интеграза?

Бактеријске транспозазе вс ретровирусне интегразе
Бактеријска транспозаза је ензим везан за крај транспозона, док кроз различите механизме олакшава катализу преноса транспозона у други део генома..	Ретровирусне интегразе се сматрају ретровирусним ензимом који помаже у интеграцији генетског материјала ретровируса, као што је ХИВ, у генетски материјал (ДНК) ћелије која је заражена..
Везујући региони
За бактеријске транспозе потребне су високе специфичне регије везивања.	Мање или никакве нуклеотидне секвенце потребне за везивање.

Резиме - Бактеријски Транспозазе вс Ретровирусне интегразе 

Бактеријске транспозе сматрају се ретровирусним ензимом који помаже у интеграцији генетског материјала ретровируса, попут ХИВ-а, у генетски материјал (ДНК) ћелије која је заражена. Транспоабилни генетски елементи искористили су две важне стратегије за померање између генома или са једног места на друго. Тренутно је класификовано пет породица транспоза, али број породица тек треба да се повећа са новим ликовима транспозе. Ретровирусна интеграза, сматра се ретровирусним ензимом који помаже у интеграцији генетског материјала ретровируса, као што је ХИВ, у генетски материјал (ДНК) ћелије која је заражена. Ретровирални интегразни протеини се обично састоје од три (03) канонске домене. Главна функција ретровирусне интегразе је да уметне свој генетски материјал да угости ДНК. Овај корак је најважнији корак у вирусној репликацији вируса ХИВ-а. Стога, једном интегрисано ћелијом нема повратка. Ово је разлика између бактеријских транспоза и ретровирусне интегразе.

Преузмите ПДФ бактеријских транспозаза вс ретровирусних интеграза

Можете преузети ПДФ верзију овог чланка и користити је за оффлине употребу према напомени. Молимо преузмите ПДФ верзију овде: Разлика између бактеријских транспоза и ретровирусних интеграза

Референце:

1.Вигил-Стенман, Тхеоден и др. „Велика количина и експресија транспоза у бактеријама из Балтичког мора.“ ИСМЕ Јоурнал, вол. 11, бр. 11, 2017, стр. 2611-2623., Дои: 10.1038 / исмеј.2017.114.
2. Полард, П и М Цхандлер. "Бактеријске транспозе и ретровирусне интегразе." Молекуларна микробиологија., Америчка национална медицинска библиотека, јануар 1995. Доступно овде  
3.Андраке, Марк Д. и Анна Марие Скалка. "Ретровирусна интеграција: Тада и сада." Годишњи преглед вирологије, вол. 2, бр. 1, септембар 2015, стр. 241-264., Дои: 10.1146 / аннурев-вирологи-100114-055043.

Љубазношћу слике:

1. 'Механизам транспозиције резања и лепљења' путем Алана Гиеми-а (ЦЦ БИ-СА 4.0) преко Цоммонс Викимедиа  
2.'ПДБ 1вјд ЕБИ'Би Јавахар Сваминатхан и особље МСД-а у Европском институту за биоинформатику (Публиц Домаин) путем Цоммонс Викимедиа