Разлика између БЛАСТ-а и ФастА-е

Тхе кључна разлика између БЛАСТ-а и ФастА-е је то БЛАСТ је основни алат за поравнање доступан на веб локацији Националног центра за биотехнолошке информације, док је ФастА алат за претраживање сличности доступан на веб страници Европског института за биоинформатику.

БЛАСТ и ФастА су два софтвера која се широко користе да упореде биолошке секвенце ДНК, аминокиселина, протеина и нуклеотида различитих врста и траже њихове сличности. Ови алгоритми су написани имајући у виду брзину. Јер, када су научници средином осамдесетих година успели да изолују ДНК у лабораторији, појавила се потреба да се упореде и пронађу идентични гени за даља истраживања великом брзином. Дакле, ова два софтвера развијена су на начин да корисник може брзо претражити сличне секвенце са њиховим редовима упита.

БЛАСТ је кратица за Основни алат за претрагу локалног поравнања и користи локализовани приступ у поређењу двеју секвенци. ФастА је софтвер који се односи на Фаст А где А значи Алл. Овде софтвер ради са алфабетима као што су Фаст А за секвенцу ДНК и Фаст П за протеин. И БЛАСТ и ФастА су веома брзи у упоређивању било које базе података о геномима и самим тим су врло одрживи у новчаном стању и штеде време..

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је БЛАСТ
3. Шта је ФастА
4. Сличности између БЛАСТ-а и ФастА-е
5. Упоредна упоредба - БЛАСТ против ФастА у табеларном облику
6. Резиме

Шта је БЛАСТ?

БЛАСТ је један од најчешће коришћених биоинформатичких софтвера који је развијен 1990. године. Од тада је доступан свима на НЦБИ локацији. Штавише, свака особа може приступити овом софтверу и користити га. Штавише, БЛАСТ је софтвер коме су потребни улазни подаци или секвенце у ФастА формату. Али, даје излазне податке у обичном тексту, ХТМЛ или КСМЛ формату. БЛАСТ делује на принципу тражења локализованих сличности између две секвенце и укратко наводи сличне секвенце, а након тога тражи сличности у комшилуку.

Слика 01: Резултати БЛАСТ-а

Стога овај софтвер тражи велики број сличних локалних регија и даје резултат постизања граничне вриједности. Међутим, овај се поступак разликује од ранијег софтвера, који прво претражује целу секвенцу, а затим ради поређење, па је, према томе, требало много времена.

Поред горње провере сличности, БЛАСТ има и много других примена као што је ДНК мапирање, упоређујући два идентична гена у различитим врстама, стварајући филогенетско дрво, итд..

Шта је ФастА?

ФастА је софтвер за прилагођавање протеина. Давид Ј. Липман и Виллиам Р. Пеарсон описали су овај софтвер 1985. Иако је почетна употреба овог софтвера била само да упореди протеинске секвенце, његова модификована верзија је такође могла да упореди ДНК секвенце. Овде овај софтвер користи принцип статистичког проналаска сличности између две секвенце. Поклапа се један низ ДНК или протеина са другим низом методом локалног поравнања низова.

Слика 02: ФастА

Међутим, тражи локалне регије за сличност, али не и најбоље подударање између два наставка. Пошто овај софтвер понекад упоређује локализоване сличности, може доћи и до неусклађености. У низу, ФастА заузима мали део познат као к-тјуплеји, при чему таплеси могу бити од 1 до 6 и подударају се са к-тупловима друге секвенце. На крају процеса подударања, када достигне вредност прага, он даје резултат.

Које су сличности између БЛАСТ-а и ФастА-е?

• БЛАСТ и ФастА су биоинформатичка средства која се користе за поређење секвенци протеина и ДНК ради сличности.
• Такође, оба програма користе стратегију бодовања да би упоредили секвенце.
• Штавише, оба алата дају врло прецизне резултате.

Која је разлика између БЛАСТ-а и ФастА-е?

БЛАСТ је алат за проверу сличности између биолошких секвенци. С друге стране, ФастА је још један програм који олакшава проверу сличности протеина и ДНК секвенци. Међутим, у поређењу са ФастА, БЛАСТ софтвер је веома популаран јер производи тачније и брже резултате. Отуда је то разлика између БЛАСТ-а и ФастА-е. Надаље, за разлику од ФастА, програм БЛАСТ може се мијењати у складу са потребама корисника. Дакле, ово је још једна разлика између БЛАСТ-а и ФастА-е.

Ниже инфографска разлика о разлици између БЛАСТ-а и ФастА-е пружа више детаља.

Преглед - БЛАСТ вс ФастА

БЛАСТ и ФастА су два програма која кориснику омогућавају да упореди своју секвенцу упита са низовима у постојећим базама података и провјери сличности. Првобитна сврха ФастА-е била је упоређивање само протеинских секвенци. Али, модификована верзија овог софтвера омогућава поређење протеина и ДНК секвенци. Иако је ФастА добар софтвер, већина људи користи БЛАСТ алат за поравнање јер је популарнији и даје тачније и брже резултате од ФастА. Такође, БЛАСТ алат се може мењати у складу са захтевима корисника. Укратко, ово сумира разлику између БЛАСТ-а и ФастА-е.

Референце:

1.Мадден, Тхомас. „Алат за анализу редоследа БЛАСТ.“ Актуелни извештаји о неурологији и неурознаности., Национална медицинска библиотека САД, 15. марта 2013. Доступно овде 

Љубазношћу слике:

1. "ЦЦДЦ132 Бласт Резултати" аутор НЦБИ Бласт - НЦБИ Бласт, (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа  
2. "Промоторски регион ФАМ149А (формат ФАСТА)" Аутор ЛарсонГЦД - сопствени рад, (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа