Разлика између хијерархијског и секвенционирања пушке на целом геному

Тхе кључна разлика Између хијерархијског и целог секвенцирања пушака генома је то у хијерархијском секвенцирању сачмарица, геном је разбијен на крупније фрагменте пре секвенцирања, док је код секвенцирања сачмарица цео геном разбијен на мале фрагменте за секвенцирање..

Секвенцирање је важна техника у молекуларним процесима, посебно у тачној идентификацији врста. У ствари, то је техника препознавања прецизног редоследа нуклеотида у гену или геному. Постоји много техника секвенцирања. Неки од њих укључују Макам Гилберт метод, Сангер метод и аутоматизовани Сангер метод.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је хијерархијско секвенционирање пушака
3. Шта је секвенционирање пушке на целом геному
4. Сличности између хијерархијског и секвенционирања пушке са целим геномом
5. Упоредна упоредба - Хијерархијско и секвенционирање пушке у целом геному у табеларном облику
6. Резиме

Шта је хијерархијско секвенционирање пушака?

Хијерархијско секвенцирање пушке је један од начина секвенцирања. Назива се и 'секвенцирањем од врха према доле'. Даље, ова метода се састоји од два корака: први корак је амплификација генома, а други корак је фрагментација генома. Код ове методе се геном прво исече на велике фрагменте. Након тога следи клонирање ових великих фрагмената у различите домаћине помоћу вектора или вештачких хромозома. Затим се ови рекомбинантни вектори смештају у библиотеку. За време секвенцирања сачмарица, рекомбинантни векторски клони се подвргавају секвенцирању појединачно. Фрагменти у клоновима подвргавају се рестрикцијској пробави ради даљег смањења величине генома, чиме се подвргавају секвенцирању.

Слика 01: Хијерархијско секвенцирање пушке

Током хијерархијског секвенцирања сачмарица, велики делови фрагмената морају се поредати по редоследу, пре секвенцирања пушке. То се одвија уз помоћ молекуларних маркера који су уграђени током процеса клонирања.

Хијерархијско секвенцирање сачмарица ствара генетску мапу мале резолуције. Али то ствара наредену мапу секвенци. Стога је потребно дуже трајање од директног секвенцирања. Читав процес касни због стварања рекомбинантне векторске библиотеке. Да ли је то и радно интензивна техника. Међутим, тренутно је техника аутоматизована да олакша посао.

Шта је секвенционирање пушке на целом геному?

Секвенцирање пушке са целим геномом представља поступак секвенце у једном кораку. У овом процесу, целокупно шишање генома одвија се на првом месту. Након тога, сваки од ових малих фрагмената подвргава се низовању насумично. По завршетку секвенцирања врши се анализа секвенци. Током анализе секвенци, преклапајуће секвенце се уклањају, а анализа није наручени процес. Стога је састављање секвенци мање ефикасан поступак у поређењу са хијерархијским секвенцирањем сачмарица. Међутим, процес секвенцирања пушака целог генома је бржи, а анализа целог генома може се одвијати на једном примерку.

Које су сличности између хијерархијског и секвенционирања пушке са целим геномом?

• Хијерархијско секвенцирање и пуцање пушака са целим геномима су два приступа секвенцирању.
• Обе се подвргавају Сангер секвенцирању или аутоматизованим методама Сегер секвенце.
• Они су укључени у секвенцирање фрагмената ДНА и РНА.
• Штавише, обе методе су важне у молекуларној дијагностици и истраживачким сврхама.
• Тренутно су обе технике аутоматизоване или рачунарске.
• Обе технике се ослањају на фрагментацију генома.

Која је разлика између хијерархијског и целог геномског секвенцирања пушке?

Хијерархијско секвенцирање сачмарица ствара фрагменте веће величине у поређењу са секвенцирањем сачмарица целог генома, што делује са малим фрагментима секвенце. Дакле, ово је кључна разлика између хијерархијског и целог геномског секвенцирања пушака. Поред тога, хијерархијско секвенцирање пушака састоји се од два главна корака, док се секвенција пушака целог гена ослања на један главни корак.

Поред тога, још једна разлика између хијерархијског и целог геномског секвенцирања пушке је да је резолуција већа код секвенцирања пушака у целом геном у поређењу са хијерархијским секвенцирањем сачмарица..

Подаци у наставку резимирају разлику између хијерархијског и пуцања пушака у читавом геному.

Преглед - Редослед хијерархијског вс целог генома пушке

Хијерархијско секвенцирање и пуцање целог гена су две технике за секвенцирање великих генома. Хијерархијска секвенца сачмарица је двостепени процес секвенцирања где је геном разбијен на веће фрагменте. Супротно томе, секвенционирање пушке са целим геномом је једностепено секвенцирање где је геном разбијен на мале фрагменте и директно секвенциониран. Дакле, ово је кључна разлика између хијерархијског и целог генског секвенцирања пушака. Штавише, технички аспекти могу варирати између две технике.

Референце:

1. Ватерстон, Роберт Х и др. "О секвенцирању људског генома." Зборник радова Националне академије наука Сједињених Америчких Држава, Националне академије наука, 19. марта 2002, доступно овде.
2. Пал, Схитал. "Секвенцирање генома." ЛинкедИн СлидеСхаре, 4. новембра 2014., доступно овде.

Љубазношћу слике:

1. „Секвенцирање пушака са целим геномом наспрам хијерархијског секвенцирања сачмарица“ Би Цомминс, Ј., Тофт, Ц., Фарес, М. А. - „Методе рачунске биологије и њихова примена у упоредној геномики ендоцелуларних симбиотских бактерија инсеката.“ Биол. Процеси на мрежи (2009). Приступљено путем СпрингерИмагес (ЦЦ БИ-СА 2.5) преко Цоммонс Викимедиа