Разлика између метагеномије и метатранскриптомике

Тхе кључна разлика Између метагеномије и метатранскриптомике зависи врста биомолекула проучавана у свакој области. Метагеномика проучава ДНК, његове секвенце и понашање у организмима, док метатранскриптомија проучава преписану ДНК, углавном секвенце мРНА и њено понашање у организмима.

Метагеномика и метатранскриптомија су два поља која су током година стекла велику популарност у односу на микробну заједницу. Важни су у здравственој заштити, индустрији и пољопривредној биотехнологији. И метагеномија и метатранскриптоми омогућавају проучавање појединачних организама у заједници и њихових функционалних улога које су или корисне или штетне.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је метагеномија 
3. Шта је Метатрансцриптомицс
4. Сличности између Метагеномицс и Метатрансцриптомицс
5. Упоредно упоређивање - Метагеномицс вс Метатрансцриптомицс у табеларном облику
6. Резиме

Шта је метагеномија?

Метагеномика је поље проучавања које истражује деоксирибонуклеинску киселину (ДНК). Најважнија је за микробну заједницу. Такође, то је напредније поље у поређењу с геномиком. У геномици се врши анализа ДНК појединих организама. Међутим, метагеномија укључује анализу генетског материјала у заједници организама. Дакле, ово омогућава проучавање понашања заједнице организама које се односе на једно стање или једно окружење.

Слика 01: Метагеномија

Главна техника која је укључена у студије метагеномије је наредна секвенција следеће генерације (НГС) која користи технологију микро-поља. НГС методама може се анализирати више организама у једној реакцији на присуство или одсуство специфичних ДНК секвенци. Ове секвенце ДНК могу бити одговорне за појединачно стање болести или стање животне средине. Отуда, коришћењем метагеномског знања, проверавање организама може се извршити лако и тачно. Секвенцирање током НГС-а одвија се у кратком читању и врши се профилисање ДНК организама. ДНК секвенца из 16-их година популарна је секвенца која се проучава у метагеномији која се тиче микроорганизама.

Након секвенцирања заједнице организама, требало би извршити поравнање секвенци. Алат као што је основни алат за редослед локалног поравнања (БЛАСТ) користи се за испуњавање задатка поравнања. Након поравнања, филогенетско дрво пружа однос сваког организма у заједници и детаље у вези са његовим понашањем.

Шта је Метатрансцриптомицс?

Метатрансцриптомицс је поље проучавања које се бави транскриптом организма. Транскрипт чини целу РНК секвенцу транскрибирану током транскрипције ДНК. Секвенце мРНА присутне у транскрипту пружају информације о генетској експресији. Метатрансцриптомицс је анализа вишеструких транскрипта у популацији или заједници.

Слика 02: Транскриптна анализа

Студије метатранскриптомије такође користе микроарријске технологије да би пронашле низове кратких очитаних секвенци. Штавише, метатранскриптомија такође укључује детаљну анализу биоинформатике користећи алате за поравнање и методе дизајнирања стабала. Међутим, поље метатранскриптомике је много теже у поређењу с метагеномиком. Екстракција мРНА или РНА у целини није тако једноставна као што се чини. Пошто је РНА веома склона уништавању и има врло кратко време живота, одржавање и складиштење могу бити могући упит.

Које су сличности између Метагеномицс и Метатрансцриптомицс?

• Метагеномија и метатранскриптомија су високе проточне технике за анализу заједница организама, углавном микробних заједница.
• Обе технике користе микроарријску технологију за закључивање налаза.
• Добивени резултати често се анализирају помоћу БЛАСТ поравнања и филогенетских стабала.
• Штавише, обе технике се не фокусирају на један организам, већ на групу или заједницу.
• Поред тога, оба концепта се такође проучавају углавном у односу на микробе - а главни разлог су њихове различите улоге.

Која је разлика између метагеномије и метатранскриптомије?

Метагеномија и Метатранскриптоми укључују анализу генетске материје у заједници организама. Према томе, метагеномика се односи на обрасце и секвенце ДНК док се метатранскриптоми односе на анализу мРНА или преписане ДНК. Дакле, ово је кључна разлика између метагеномије и метатранскриптомике.

Штавише, поступак екстракције се разликује у обе технике; метагеномија укључује поступке екстракције ДНК, а метатранскриптоми укључују поступке екстракције РНА. Дакле, ово је такође значајна разлика између метагеномије и метатранскриптомије.

Подаци у наставку резимирају разлику између метагеномије и метатранскриптомике:

Преглед - Метагеномицс вс Метатрансцриптомицс

Метагеномија и метатранскриптомија су нова подручја проучавања која анализирају заједницу организама за одређено стање. Стога се метагеномија односи на анализу ДНК секвенце. Супротно томе, метатранскриптомија се односи на анализу РНА секвенци или преписаних ДНК производа. С тим у вези, метатранскриптомија омогућава идентификацију експресије гена за одређени случај. Обе су важне у анализи мутација и њихових ефеката. Ово су брзе и поузданије технике које се користе у претходној дијагнози. Дакле, ово је резиме разлика између метагеномије и метатранскриптомике.

Референце:

1. Агуиар-Пулидо, Ванесса и др. „Метагеномија, метатранскриптомија и метаболомички приступи за анализу микробиома“. Еволуциона биоинформатика на мрежи, ЛибертасАцадемица, 12. мај 2016., доступно овде.

Љубазношћу слике:

1. „пцби.1002808.г001“ од Филогенијске слике (ЦЦ БИ 2.0) преко Флицкр-а
2. „Транскриптна фигура 3“ од Данни556 (разговор) - сопствена израда (Ц БИ-СА 3.0) преко Флицкр-а