Разлика између РАПД и РФЛП

Кључна разлика - РАПД вс РФЛП
 

Генетски маркери се користе у молекуларној биологији за идентификацију генетских варијација између јединки и врста. Насумична полиморфна ДНК (РАПД) и Полиморфизам дужине фрагмента рестрикције (РФЛП) су два важна молекуларна маркера која се рутински користе у лабораторијама. РАПД се изводи са кратким и произвољним олигонуклеотидним прајмерима, и заснива се на случајном амплификацији вишеструких локација у целој ДНК организма у организму. РФЛП се изводи са специфичном рестрикцијском ендонуклеазом и заснива се на полиморфизму резултирајућих рестрикцијских фрагмената и хибридизацији. Кључна разлика између РАПЛ и РФЛП је та РАПД је врста ПЦР технике која се изводи без претходног знања о секвенци док РФЛП није укључен у ПЦР и захтева претходно познавање секвенце да би се извршила техника.

САДРЖАЈ
1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је РАПД
3. Шта је РФЛП
4. Упоредна упоредба - РАПД вс РФЛП
5. Резиме

Шта је РАПД?

РАПД је користан молекуларни маркер у молекуларној биологији. То је брза и лака техника. РАПД се може дефинисати као метода која резултира полиморфним ДНК секвенцама као резултат случајног амплификације више локација циљне ДНК шаблоне. РАПД користи кратке олигонуклеотидне прајмере са произвољним секвенцама за ПЦР амплификацију. Примери се вештачки синтетишу без претходног знања о секвенци. Стога се сматра лаком и корисном техником.

Следећи главни кораци су укључени у РАПД.

1. Екстракција циљне ДНК
2. Амплификација више локација циљне ДНК коришћењем насумично изабраних прајмера
3. Гел електрофореза појачаних ПЦР производа
4. Бојење етидијевим бромидом и идентификација полиморфизма

Као резултат варијације у прашењу прајмера, током амплификације настају различити фрагменти различитих дужина. Стога су обрасци везивања гелова различити код појединаца и врста. Дакле, РАПД омогућава откривање генетске варијације међу организмима у идентификацији и диференцијацији.

РАПД се примењује у разним студијама молекуларне биологије, као што су идентификација генетске разлике између уско повезаних врста, мапирање гена, отисак ДНК, идентификација наследних болести, итд..

Слика 01: РАПД

Шта је РФЛП?

Полиморфизми ограничавајућег фрагмента (РФЛП) је молекуларни маркер који се користи у молекуларној биологији за идентификацију генетске варијације у хомологним ДНК секвенцама. То је први генетски маркер развијен за отисак ДНК. Сви организми производе јединствене ДНК профиле када су ограничени специфичним рестрикцијским ензимима. РФЛП служи као важно средство у производњи јединствених ДНК профила појединаца и откривању генетске варијације међу њима. Када се ДНК узорци дигестирају са специфичним рестрикцијским ендонуклеазама, добијају се различити ДНК профили који су јединствени за сваког појединца. Стога је основно у овој методи откривање генетске варијације међу организмима ограничавањем хомологне ДНК специфичним рестрикцијским ензимима и анализа полиморфизма дужине фрагмента путем гел електрофорезе и брисања. Обрасци мрље јединствени су за сваки организам и карактеришу специфичне генотипове.

Следећи кораци су укључени у РФЛП.

1. Изолација довољне количине ДНК из узорака
2. Фрагментација ДНК узорака са специфичним рестрикцијским ендонуклеазама улази у кратку секвенцу
3. Одвајање добијених фрагмената различите дужине електрофорезом агарозног гела.
4. Преношење гел профила у мембрану са јужњачким упијањем
5. Хибридизација мембране са обележеним сондама и анализа полиморфизма дужине фрагмента у сваком профилу

РФЛП има разне апликације као што су дијагноза наследних болести, мапирање генома, кривична идентификација у форензичким студијама, тестирање очинства итд..

Слика 02: РФЛП генотипизација

Која је разлика између РАПД и РФЛП-а?

РАПД вс РФЛП
РАПД је молекуларни маркер заснован на случајним прајмерима и ПЦР-у.	РФЛП је молекуларни маркер заснован на производњи фрагмената рестрикције различите дужине.
Потребан узорак
Мали узорак ДНК је довољан за РАПД анализу.	За РФЛП анализу потребна је велика количина екстракованог узорка ДНК.
време
РАПД је брз процес.	РФЛП је дуготрајан процес.
Пример употребе
Користе се насумични прајмери, а исти прајмери ​​се могу користити за различите врсте.	Сонде специфичне за врсту користе се у РФЛП-у за хибридизацију.
Поузданост
Поузданост технике је мања у поређењу са РФЛП-ом.	РФЛП је поуздана техника.
Избрисати
РАПД укључује јужну мрљу.	Јужно поливање је један корак РФЛП-а.
Откривање варијација алела
Аллелицне варијације не могу открити РАПД.	Варијације алела могу се открити РФЛП-ом.
Потреба за знањем у секвенци
РАПД не захтева претходно познавање секвенце.	Претходно знање о секвенци потребно је за пројектовање сонде.
ПЦР
ПЦР је укључен у РАПД	ПЦР није укључен у РФЛП.
Репродуцибилност
РАПД има ниску репродуцибилност	РФЛП има велику репродуктивност у односу на РАПД.

Преглед - РАПД вс РФЛП

РАПД и РФЛП су важни маркери који се користе у молекуларној биологији. Обе методе су способне да открију генетску варијацију међу организмима. РАПД се изводи помоћу случајних прајмера. РФЛП се изводи коришћењем специфичних рестрикцијских ензима. Обе методе дају ДНК профиле јединствене за поједине организме. РАПД укључује неколико корака од РФЛП-а. Али даје мање поуздане и поновљиве резултате од РФЛП-а. Ово је главна разлика између РАПД и РФЛП.

Референце:
1. Дос, Ј. Б., Ј. Ниенхуис, П. Скроцх, Ј. Тиванг и М. К. Слоцум. „Поређење генетских маркера РАПД и РФЛП у одређивању генетске сличности међу генотипима Брассица олерацеа Л.“ ТАГ. Теоријска и примењена генетика. Тхеоретисцхе унд ангевандте Генетик. Америчка национална медицинска библиотека, март 1994. Веб. 12 апр 2017
2. Повелл, Ваине, Мицхеле Морганте, Цхаз Андре, Мицхаел Ханафеи, Јулие Вогел, Сцотт Тингеи и Антони Рафалски. „Поређење РФЛП, РАПД, АФЛП

Љубазношћу слике:
1. „РФЛП генотипизација“ Аутор (непознато) - Национални здравствени институти (јавно доменство) преко Цоммонс Викимедиа