Разлика између сличности и идентитета у поравнању редоследа

Тхе кључна разлика између сличности и идентитета у поравнавању низа је то сличност је сличност (сличност) између две секвенце у поређењу док је идентитет број знакова који се тачно подударају између две различите секвенце.

Биоинформатика је интердисциплинарна област науке која углавном укључује молекуларну биологију и генетику, рачунарске науке, математику и статистику. Усклађивање редоследа је главни појам у биоинформатици. То је поступак у којем су секвенце ДНК, РНА или протеина распоређене тако да идентификују области сличности које су последица функционалног, структуралног или еволуционог односа између секвенци. На крају поравнања они ће бити представљени као редови унутар матрице. Да би се идентични знакови поравнали у сукцесивним колонијама, између остатака су уметнуте празнине.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је сличност у поравнању редоследа
3. Шта је идентитет у поравнању редоследа
4. Сличности између сличности и идентитета у поравнању редоследа
5. Упоредна упоредба - Сличност према идентитету у поравнавању слиједа у табеларном облику
6. Резиме

Шта је сличност?

Сличност у поравнавању низа је сличност двеју секвенци у поређењу. Ова чињеница зависи од идентитета секвенце. Сличност описује у којој су мјери остаци поравнати. Дакле, сличне секвенце садрже слична својства. У биоинформатичности сличност је средство за процену сличности између два протеина.

Слика 01: Сличност у поравнању редоследа

Постоје два главна корака за поступак поравнања редоследа. Почетни корак је поравнавање у пару, што помаже у проналажењу оптималног поравнања између две секвенце (укључујући празнине) користећи алгоритме као што су БЛАСТ, ФастА и ЛАЛИГН. Алгоритам подударања проналази минимални број операција уређивања; ин-делс и супституције како би се једна секвенца ускладила са другом секвенцом. Након поравнања у паровима, потребно је добити два квантитативна параметра из сваке поређења у паровима. Они су идентитет и сличност.

Шта је идентитет?

Идентитет у поравнавању низа је број знакова који се тачно подударају између две различите секвенце. Дакле, празнине се не рачунају приликом процене идентитета. Сматра се да је мерење повезано са краћом секвенцом између две секвенце. То значајно имплицира да има ефекат тамо где идентитет секвенце није пролазан. Ако је Кс = И и И = З, тада Кс није нужно једнак З. То се изводи у смислу мере идентификације удаљености.

Слика 02: Идентитет у поравнавању редоследа

На пример, Кс има секвенцу ААГГЦТТ, И има секвенцу ААГГЦ и З има секвенцу ААГГЦАТ. Идентитет између Кс и И је 100% 5 идентичних нуклеотида / мин [дужина (Кс), дужина (И)]. Идентитет између И и З је такође 100%. Али идентитет између Кс и З је само 85% (6 идентичних нуклеотида / 7).

Које су сличности између сличности и идентитета у поравнању редоследа?

• И сличност и идентитет два су термина која користимо за поравнање редоследа.
• Такође се позивају на сличност између два наставка.
• Штавише, изражавамо их као проценат.

Која је разлика између сличности и идентитета у поравнању секвенце?

Сличност у поравнавању говори о сличности између два наставка у поређењу, док идентитет у поравнавању низа говори о броју знакова који се тачно подударају између две различите секвенце. Стога је ово кључна разлика између сличности и идентитета у поравнавању низа.

Резиме - Сличност вс идентитет у поравнању редоследа

Усклађивање секвенци помаже да се идентификују региони слични ДНК, РНА или протеин настали због функционалног, структуралног или еволуцијског односа између секвенци. Дакле, сличност и идентитет два су кључна термина у контексту усклађивања редоследа. Кључна разлика између ова два појма је та што је сличност двеју секвенци у поређењу, а идентитет је број знакова који се тачно подударају између две различите секвенце. Дакле, ово је резиме разлике између сличности и идентитета у поравнавању низа.

Референце:

1. "Идентитет и сличност - квантитативна мера." Идентитет и сличност - квантитативна мера, доступна овде.
2. "Поравнавање редоследа." Усклађивање редослиједа - Биоинформатицс.Орг Вики, доступно овдје.

Љубазношћу слике:

1. „Филогенија заснована на усклађивању и поравнању“ Аутор Колекар Пандуранг - Властито дело (ЦЦ БИ 3.0) преко Цоммонс Викимедиа
2. „БЛАСТ узорак производње“ аутор Фдардел - сопствени рад (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа