Разлика између УПГМА и суседног дрвета за придруживање

Тхе кључна разлика између УПГМА и суседног стабла који се спаја је врста филогенетског стабла која је резултат сваке методе. УПГМА је техника конструкције укоријењеног филогенетског стабла док је сусједно дрво за придруживање техника конструкције некоријењеног филогенетског стабла.

Филогенетска стабла су дијаграми налик на дрвеће који приказују еволуцијске односе између организама. Филогенетско дрво може имати различите топологије у зависности од технике која се користи за изградњу дрвећа. УПГМА и суседно дрво су две главне методе за изградњу филогенетских стабала.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је УПГМА 
3. Шта је суседно дрво за придруживање
4. Сличности између УПГМА и суседног дрвета за придруживање
5. Упоредно упоређивање - УПГМА вс Стабло за придруживање суседа у табеларном облику
6. Резиме

Шта је УПГМА?

У биоинформатици постоје различите технике кластерирања. УПГМА значи Метода без пондерисане групе парова и аритметичка средина. То је хијерархијска метода груписања. Методу су увели Сокал и Мицхенер. То је најбржа техника која развија филогенетско дрво. Резултирајуће филогенетско дрво је укоријењено филогенетско дрво са заједничким претком.

Приликом цртања филогенетског стабла користећи УПГМА методу, он сматра да су стопе еволуције једнаке за све линије. Дакле, ово је важна претпоставка направљена у УПГМА техници. Међутим, ово је и главни недостатак технике, јер се током изградње стабла не узима у обзир стопа мутације. Уместо тога, он претпоставља стопу мутације као константу. Даље се ова хипотеза назива „хипотеза молекуларног сата“. Стога, у стварном контексту, филогенетско стабло изграђено по УПГМА методи можда није тачно и поуздано.

Слика 01: Филогенетско дрво извучено из УПГМА

УПГМА метода разматра растојање у пару за производњу филогенетског стабла. У почетку је свака врста грозд, а два таква грозда са најмањом еволуцијском растојањем формирају пар. Према томе, то зависи од матрице удаљености. Алгоритамски изрази играју главну улогу у интерпретацији података филогенетског стабла нацртаног УПГМА методом.

Шта је суседно дрво за придруживање?

Суседно дрво за придруживање је још једна техника групирања која се користи за производњу филогенетског стабла. Наруиа Саитоу и Масатосхи Неи били су пионири у увођењу методе. Ова техника производи некоријењено стабло, за разлику од УПГМА. Надаље, групирање у овој методи се не ослања на ултраметријске удаљености. Међутим, она узима у обзир варијацију еволуционих стопа приликом конструкције филогенетског стабла. Дакле, постоје варијације у дрвећу нацртаном овом техником. Стога ова метода користи посебне математичке алгоритме за процену тих варијација.

Слика 02: Филогенетско дрво начињено методом спајања суседа

Приликом конструкције дрвећа ова метода узима у обзир раздаљине између сваке лозе засебно. Свака лоза придружује се новоизграђеном чвору на дрвету. Сви ови чворови придружују се средишњем чвору. Због тога, када се појави нови чвор, удаљеност од средишњег до новог чвора је важна и израчунава се помоћу алгоритама. Ови алгоритамски подаци одлучују о постављању новог чвора.

Које су сличности између УПГМА и суседног дрвета за придруживање?

• Обе методе користе методе кластерирања приликом конструкције филогенетских стабала.
• Штавише, обе методе захтевају употребу математичких алгоритама за тумачење филогенетског стабла.
• Подаци ДНК секвенце играју важну улогу у обе методе.
• Обе методе резултирају методом кластерирања одоздо нагоре.
• Штавише, анализа великих скупова података могућа је користећи обе технике.
• Статистичка анализа података може се применити за обе врсте стабала користећи методу за покретање система.
• Обоје играју важну улогу у класификацији и идентификацији организама.
• Штавише, обе методе пружају податке о еволуцијским односима организама.

Која је разлика између УПГМА и суседног дрвета за придруживање?

Кључна разлика између УПГМА и суседа који се придружује стаблу зависи од врсте конструисаног стабла. Дакле, УПГМА производи укоријењено стабло, док сусјед који се придружује производи стабло без укорењана. Штавише, УПГМА је мање поуздана метода, док је дрво за придруживање суседа поуздана метода од УПГМА. Дакле, ово је још једна разлика између УПГМА и комшијског стабла.

Ниже инфо-графика резимира разлику између УПГМА и комшијског стабла.

Преглед - УПГМА вс Неигхбор Јоининг Трее

УПГМА и методе придруживања суседу дрвеће су две технике које су важне током изградње филогенетског стабла. Док УПГМА метода не узима у обзир еволуцијску стопу, метода придруживања суседа узима је у обзир током изградње стабла. Дакле, сложеност и поузданост филогенетског стабла која је резултат методе Њ стабла је велика. Међутим, није тако брз као УПГМА метода. Штавише, кључна разлика између УПГМА и суседа које се придружује стаблу зависи од врсте стабла која је резултат сваке технике. УПГМА резултира укоријењеним филогенетским стаблом, док сусједни метод спајања резултира неукоријењеним филогенетским стаблом.

Референце:

1. Павлопулос, Георгиос А и др. „Референтни водич за анализу и визуелизацију дрвећа.“ БиоДата Рударство, БиоМед Централ, 22. фебруар 2010., доступно овде.

Љубазношћу слике:

1. „ЦЦДЦ138 укоријењено филогено стабло“ аутор Коккк012 из енглеске Википедије (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа
2. "Слика 5" ПЛОС ОНЕ ПХИЛОГЕНИ (ЦЦ БИ 2.0) преко Флицкр