Алотропи су различите структурне модификације елемента, док изомери су хемијска једињења која имају исту молекуларну формулу али имају различите структурне формуле.
Одређени елементи могу постојати у два или више различитих облика. Ти се облици називају алотропи у којима су атоми елемента повезани на различит начин. На пример, диоксиген (О2), озон (О3), тетраоксиген (О4) и октаоксиген (О8) аре
И алотропија и изомеризам били су концепти које је предложио шведски научник Јонс Јакоб Берзелиус. Предложио је концепт алотропија 1841. После прихватања Авогадрове хипотезе 1860. године, схватило се да елементи могу постојати као полиатомски молекули, а два алотропа кисеоника су препозната као О2 и О3. Почетком 20. века препознато је да су и други случајеви попут угљеника настали због разлика у кристалној структури.
Изомеризам је први пут примећен 1827. године, када је Фриедрицх Воехлер припремио цијанинску киселину и напоменуо да је, иако је њен елементарни састав идентичан фулмининској киселини (коју је припремио Јустус вон Лиебиг претходне године), њена својства била сасвим другачија. Овај налаз је довео у питање преовлађујуће хемијско разумевање времена, које је сматрало да хемијска једињења могу бити различита само ако имају различите елементарне саставе. Након додатних открића исте врсте, попут Воехлеровог открића из 1828. године, да уреа има исти атомски састав као хемијски различит амонијум цијанат, Јонс Јакоб Берзелиус је увео термин изомеризам описати појаву.
Различите класе изомера укључују стереоизомере, енантиомере и геометријске изомере.
Врсте изомера