Ал Каида и Талибани су различите терористичке групе екстремистичких муслимана које погрешно тумаче принципе
Ал Каиду је формално организовано крајем осамдесетих неколико високих исламских вођа, укључујући Осаму Бин Ладена, који је обезбедио велики део свог финансирања. Ово је започело као џихадистичка (што значи борба на путу Божја) група у Авганистану, позната као Мактаб ал-Кхидмат или „служба службе“ против Афганистанаца и Совјета, а касније се развила и проширила у глобални џихадски покрет. Иако је овај покрет започео у Авганистану, крајем 2008. године, велика већина припадника Ал-Каиде била је ван земље.
Извјештава се да је почетак талибана покренут као реакција против муџахединских ратних војсковођа, а спонзорирана је и од "Афганистанске транзитне трговине" да очисти јужни пут преко Афганистана. Неки су такође сугерирали да су талибани такође добили подршку ЦИА-е и ИСИ-ја (пакистанске обавештајне агенције) како би се борили против Совјета. Од 1994. до 1996. талибани су преузели контролу над 34 провинције. Сходно томе, талибани су наметнули шеријатски закон у Авганистану и уз помоћ верских лидера у Пакистану учврстили више моћи и наметнули своја правила такође у пограничним областима Пакистана.
Идеологија коју слиједе припадници Ал-Каиде темељи се на шеријатском закону. Неки предлажу да списи Саииада Кутба или кутбисм су у великој мери утицали на високе вође Ал-Каиде. Према кутбизму, ислам је начин живота, а ова идеологија верује у концепт увредљивог џихада, који је оружани рат за напредовање ислама.
Идеологија коју су слиједили талибани била је комбинација шеријатског закона и паштунских племенских кодова, дијелећи неке концепте џихада, а слиједила их је група Ал-Каеде. Следили су веома строг кодекс понашања, забрањујући ТВ и видео записе и приморали мушкарце и жене да следе талибански кодекс облачења и талибански начин живота. Идеологија се, међутим, мењала како је време одмицало, а касније је већину одлука и закона доносио и доносио сам Муллах Омар.
Извршено је укупно шест напада Ал-Каиде, четири против Америке. Они укључују бомбашки напад у Адену у Јемену 1992. године, напад на Светски трговински центар у Њујорку, а затим крајем деведесетих на Амбасаду САД у Источној Африци у којој је убијено 300 људи. Најразорнији напад као на Светски трговински центар, Њујорк, 11. септембра 2001. Ал-Каида је такође била умешана у нападе у Африци, Европи, Блиском Истоку и Кашмиру.
Талибани су власт стекли 1994. године, заузимањем града Кандахара и околних подручја. Талибани су добили подршку од Јамиат Улема-е-Ислам (ЈУИ) у Пакистану. Након заробљавања Кабула 1996. године, талибани су у Авганистану наметнули шеријатски закон забрањујући видео филмове, плес, подрезивање брада од стране мушкараца, а такође је приморао жене да облаче талибански начин и носе буркас. Лоповима и убицама од стране "верске полиције" изречене су оштре казне. Талибани су дјеловали у Афганистану и Пакистану, а његови чланови чинили су различита паштунска етничка племена и волонтере из других пограничних исламских земаља.
Талибани се боре и са другим верским екстремистима у Пакистану. На пример, недавна прича ББЦ-ја истиче напад талибана на милитанте који припадају Лашкар-е-исламу у региону Кхибер.
Сматра се да је за Ал-Каиду умрежена терористичка група слабо повезана, а не кохезивна организација са структуром команде и контроле и сталним кадром терориста. Иако о Ал-Каиди нема много информација, идеју о њеној организацији и управљању операцијама САД је у сведочењу пружио бивши сарадник Осаме бин Ладена. Према овом, вишом операцијом Ал-Каиде управљао је Осама бин Ладен, а саветовао ју је савет који се састоји од 20-30 старијих чланова Ал-Каиде. Постоје различити одбори који су основани за управљање областима као што су војне операције, бизнис, исламско право и медији.
Талибанска влада описана је као мистериозна и диктаторска и класификована је као "алтернативна влада". Нема политичких странака и не одржавају се избори. Талибанима предводи Муллах Мохаммед Омар, а његови заповједници су у великој мјери мадраса (образовна установа која предаје ислам). Неколико шеријатских судова широм земље рјешава комерцијалне и грађанске случајеве, укључујући наплату пореза.