Фат32 и НТФС су створени да прате све датотеке на тврдом диску. Масти (систем расподјеле датотека) које су креирали Билл Гатес и Марц МцДоналд, старији су од ове двије године и прошли су кроз многе промјене од свог првог појављивања у години 1977. Број означава број битова потребних за праћење фајлови. Фат16 је био стандард прилично дуго док на тржиште није стигао чврсти диск капацитета 4ГБ, у којем је и Фат32 креиран.
С друге стране, систем датотека НТФС рођен је из система датотека датотека ХПФС који користи ОС / 2, колаборација ИБМ-а и мицрософт-а. Када се договор није проширио, неке функције ХПФС-а појавиле су се у НТФС-у када се појавио за Виндовс НТ платформу. Од тада је развијен и појављује се у новијој верзији оперативног система Виндовс као што су КСП, Виста и ускоро ће изаћи Виндовс 7. Мицрософт задржава патент на НТФС и на тај начин не открива никакве детаље у вези са датотечним системом који прави само НТФС дискове читати на Виндовс системима већ дуже време, мада већ постоје неке линук имплементације које могу приступити НТФС драјвовима, али без истакнутих карактеристика.
Фат32 је врло једноставан и без пухавог система који је такође веома документован. То заправо и не ради много осим праћења места где се датотеке налазе. Због тога је постао избор датотечног система за већину преносивих медијума за складиштење података као што су флеш драјвови, мп3 плејери и меморијске картице.
НТФС датотечни систем је управо супротан, нудећи вишеструка побољшања која не само да побољшавају његове перформансе већ и сигурност. Једна од њих је транспарентна компресија датотеке која аутоматски компримира датотеку док се уписује на диск. Ово би могло ослободити нешто простора на диску, али би се датотеке могло потрајати неко време. Друга је квота дискова где администратор система може одредити колики део диска може да користи одређени корисник.
Избор између датотечних система НТФС и ФАТ32 релативно је лак задатак. Једноставно речено, НТФС је боља опција када га желите имплементирати на Виндовс рачунарски систем. Не само због побољшања брзине, већ и због вишеструких функција. То ипак није препоручљиво за преносне медије јер већина уређаја и других оперативних система има потешкоће или потпуно не могу да приступе НТФС драјвовима.