Разлика између поправка базне ексцизије и поправка нуклеотидне ексцизе

Кључна разлика - Поправак базне ексцизије у односу на поправак нуклеотидне прецизности
 

ДНК је често подвргнут оштећењима због различитих унутрашњих и спољашњих фактора. Међутим, ћелијски системи за поправку одмах и стално исправљају оштећења пре него што постану мутације или пре него што се пренесу на следеће генерације. Постоје три врсте система за поправак ексцизије у ћелијама: поправак нуклеотидне ексцизије (НЕР), поправак базичне ексцизије (БЕР) и поправљање неслагања ДНК (ММР) ради поправљања једноструких оштећења ДНА. Кључна разлика између поправка базичне ексцизије и поправка нуклеотидне ексцизије је та Поправак базичне ексцизије је једноставан систем поправки који у ћелијама ради на поправљању оштећења појединачних нуклеотида изазваних ендогеним путем док санација нуклеотидне ексцизије је сложен систем поправки који делује у ћелијама на поправљању релативно већих, оштећених подручја изазваних егзогеношћу.

САДРЖАЈ
1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је основна поправка прецизности
3. Шта је нуклеотидна поправка прецизности
4. Упоредна упоредба - Поправак базичне прецизности у односу на поправљање нуклеотидне ексцизије
5. Резиме

Шта је основна поправка прецизности?

Поправак основне ексцизије је најједноставнија верзија система за поправљање ДНК у ћелијама. Користи се за поправљање мањих оштећења ДНК. ДНК базе су модификоване због деаминације или алкилације. Када дође до оштећења базе, ДНК гликозилаза препознаје и активира систем за поправљање базне ексцизије и опоравља га уз помоћ ензима АП ендонуклеазе, ДНК полимеразе и ДНК лигазе. Следећи кораци су укључени у БЕР систем.

1. Препознавање и уклањање нетачне или оштећене базе помоћу ДНК гликозилазе да би се створило абасицно место (места губитка базе - апиуриницна или апимримидинска места).
2. Инцизија абасицног места апуринским / апимримидинским ендонуклеазама
3. Уклањање преосталог фрагмента шећера помоћу лиза или фосфодиестеразе
4. Празњење празнине ДНК полимеразом
5. Заптивање надимка ДНК лигазом

Слика 01: Пут поправљања основног изреза

Шта је поправак нуклеотидне прецизности?

Нуцлеотиде Екцисион Репаир (НЕР) је важан систем за поправљање ексцизије ДНК у ћелијама. Може да поправља и замени оштећене области дужине до 30 база, а води га неоштећена врпца шаблона. До уобичајених оштећења ДНК долази због ултраљубичастог зрачења и НЕР штити ДНК поправљајући та оштећења непосредно пре него што постану мутације и пређу у будуће генерације или проузрокују болести. НЕР посебно пружа заштиту од мутација узрокованих индиректно егзогеним факторима као што су канцерогени из окружења и хемијских твари. НЕР се види у скоро свим организмима и препознаје оштећења која изазивају значајно изобличење у ДНА спирали.

НЕР процес укључује деловање многих протеина као што су КСПА, КСПБ, КСПЦ, КСПД, КСПЕ, КСПФ, КСПГ, ЦСА, ЦСБ, итд. И наставља се кроз неколико механизама за резање и лепљење. Ти протеини су неопходни за завршетак процеса поправке, а оштећење једног од НЕР протеина је витално важно и може да изазове ретке рецесивне синдроме: керодерма пигментосум (КСП), Цоцкаине синдром (ЦС) и фотосензитивни облик крхког поремећаја косе. трихотиодистрофија (ТТД).

Слика 02: Поправак прецизности нуклеотида

Која је разлика између поправка базне ексцизије и поправке нуклеотидне егзистенције?

Поправак базне прецизности вс поправак нуклеотидне прецизности
Поправак основне ексцизије (БЕР) је систем поправке ДНК који се дешава у ћелијама.	Поправак нуклеотидне ексцизије (НЕР) је друга врста система за поправљање ДНК који се налази у ћелијама.
Препознавање ДНК адуката
БЕР поправља оштећења на малим адукцијама ДНК.	НЕР поправљају велике адукте ДНК.
ДНК оштећења
БЕР препознаје штету која не узрокује значајна изобличења спиралне ДНК.	НЕР препознаје штету која проузрокује значајна изобличења ДНК спирала.
Узроци оштећења ДНК
БЕР поправља штету узроковану ендогеним мутагенима.	НЕР поправља штету узроковану егзогеним мутагенима.
Сложеност
БЕР је најмање сложен систем поправки	Комплекснији је од БЕР-а.
Потреба за протеинима
БЕР не захтева друге протеине.	НЕР-у је потребно неколико генских производа, посебно протеина, за разликовање оштећених и неоштећених региона.
Погодност
БЕР је погодан за корекцију појединачних оштећења на бази.	НЕР је погодан за замену оштећених подручја.

Преглед - Поправак базне прецизности у односу на поправак нуклеотидне прецизности

НЕР и БЕР су две врсте процеса поправке ексцизије ДНК који се налазе у ћелијама. БЕР је у стању да санира оштећења настала ендогено, док је НЕР у стању да санира подручја оштећења до 30 базних пара дужине узрокованих претежно егзогеном. БЕР се разликује од НЕР у препознатим врстама супстрата и у случају почетног цепања. БЕР такође може препознати штету која није проузрокована значајним изобличењима у ДНА спирали, док НЕР препознаје значајна изобличења ДНК хелика. Ово је разлика између поправке базичне ексцизије и нуклеотидне ексцизије.

Љубазношћу слике:
1. „Дна репаир басе екцерсион ен“ од ЛадиофХатс - (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа
2. „Шематски приказ модела за пут поправљања нуклеотидне ексцизије контролиран Увр протеинима“ Рихито Морита, Схухеи Накане, Атсухиро Схимада, Масао Иноуе, Хитосхи Иино, Таисуке Вакаматсу, Кењи Фукуи, Норико Накагава, Риоји Масуи, Сесу - (ЦЦ БИ 1.0) виа Цоммонс Викимедиа

Референце:
1. Ким, Иун-Јеонг и Давид М. Вилсон. „Преглед биохемије поправке базне ексцизије“. Тренутна молекуларна фармакологија. Америчка национална медицинска библиотека, јануар 2012. Веб. 14. март 2017.
2. Боер, Јан Де и Хоеијмакерс Јан Х. Ј. "Поправак нуклеотидне ексцизије и хумани синдроми." Карциногенеза. Окфорд Университи Пресс, 01. марта 2000. Веб. 28. март 2017
3. Хоогстратен ет ал. „Свестрано откривање оштећења ДНК помоћу глобалне ексцизије нуклеотидних гена који поправља протеин КСПЦ.“ Јоурнал оф Целл Сциенце. Компанија биолога доо, 01. септембра 2008. Веб. 28. март 2017