Разлика између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем пушке

Тхе кључна разлика између клонирања клонираним секвенцирањем и секвенцирања сачмарица лежи у њиховој методи понашања. Клонирање клонским поступком укључује мапирање хромозома и клонирање пре секвенцирања док клонирање секвенцирањем пушака изоставља и мапирање хромозома и кораке клонирања током секвенцирања..

Клонирање клонираним секвенцирањем и клонирање секвенцирањем сачмарицама две су методе свременог секвенцирања генома. Клонирање клонираним секвенцирањем је поузданија метода секвенцирања. Међутим, метода клонирања секвенцирањем пушака је бржа и јефтинија. Чланак се фокусира на суптилну разлику између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем сачмарица.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је клон секвенцирањем клона 
3. Шта је клон секвенцирањем пушака
4. Сличности између клонирања секвенцирањем клона и секвенцирањем пушке
5. Упоредна упоредба - клонирање клонским секвенцирањем и секвенцирањем пушке у табеларном облику
6. Резиме

Шта је клон секвенцирањем клона?

Клонирање клонским секвенцирањем је метода секвенцирања генома. Захтева мапирање сваког хромозома пре цепања ДНК. После мапирања, ДНК би требало да буде разбијен на фрагменте дугачке 150 килобаза. Ови фрагменти су тада спремни за секвенцирање. Следећи корак је убацивање фрагмената ДНК у бактеријске вештачке хромосоме (БАЦ), а затим у бактеријске ћелије. Пошто су фрагменти сада унутар бактеријских ћелија, сваки пут када се бактерија дели, убачени фрагменти ДНК такође се деле и стварају многе идентичне копије. Затим се ДНК појединачног бактеријског клона фрагментира на 500 фрагмената дугачких пара. Они су мањи и преклапајући фрагменти. Даље, секвенцирање се одвија уметањем ових фрагмената у вектор с познатом ДНК секвенцом. Полазећи од познате секвенце вектора, секвенцирање се наставља до непознате секвенце.

Након завршетка секвенцирања, потребно је идентификовати подручја секвенци која се преклапају. Након тога долази до спајања фрагмената ради формирања већих фрагмената који су првобитно представљени у БАЦ-овима. Затим се склапање већих фрагмената у хромосом одвија према мапи генома.

Слика 01: Клон секвенцирањем клона

Значајна предност клона секвенцирањем клона је у томе што унапред припремљена мапа генома помаже поузданој монтажи већих фрагмената. Али, недостатак ове методе секвенцирања је тај што изискује много времена за генерисање мапа генома и прављење клонова. Међутим, ово је била метода која је била пожељна током 'Пројекта људског генома'.

Шта је клон секвенцирањем пушака?

Клонирање секвенцирањем сачмарицом је метода секвенцирања која случајним поступком разбија ДНК секвенце на много малих фрагмената и поново саставља низ посматрајући подручја која се преклапају. Већи геноми сисара тешко је клонирати секвенцу и саставити. То је због њихове структурне сложености и величине. Иако је клон методом секвенцирања клона поуздан, потребно је дуго времена да се секвенционишу геноме сложених организама. Стога је клонирање секвенцирањем сачмарица постало поуздан јефтинији начин секвенцирања који се може извести брже. Стога се савремени научници ослањају на ову методу секвенцирања како би се борили против сложених генома.

Слика 02: Клонирање секвенцирањем пушке

Током клонирања методом секвенцирања сачмарица, не постоје уобичајени кораци мапирања и клонирања генома. У почетку је цео геном фрагментиран на различите величине од 20 килобаза до 300 килобаза. Затим слиједи секвенцирање. Затим је помоћу софистицираног рачунарског софтвера потребно саставити фрагменте гледајући подручја која се преклапају.

Клонирање секвенцирањем пушака помаже у побољшању тачности постојећих секвенци генома. Главна предност ове методе је у томе што је она много бржа и јефтинија од клонирања методом секвенцирања клона. Међутим, овај поступак не укључује употребу генетске мапе. Дакле, вероватније је да ће доћи до грешака током састављања. Према томе, ово је главни недостатак клона методом секвенцирања пушака.

Које су сличности између клонског секвенцирања и секвенце пушака?

• Оба клона секвенцирањем клонова и секвенцирање сачмарица су две методе секвенцирања генома.
• Током обе технике секвенцирања, састављање растављених фрагмената врши се идентификовањем преклапајућих региона.
• Такође, распад ДНК на мање фрагменте је неопходан и за секвенцирање клонова и сачмарица.

Која је разлика између клона секвенцирањем клона и секвенце пушака?

Клонирање техником секвенцирања клона укључује два главна корака: мапирање хромозома и клонирање. Супротно томе, клон секвенцирањем сачмарица не следи ова два корака; насумично раставља ДНК секвенце на много малих фрагмената и поново саставља низ посматрајући преклапајуће области. Дакле, ово је кључна разлика између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем сачмарица. Због овог фактора, клонирање секвенцирањем клона је скуп и дуготрајан процес, док је клонирање секвенцирањем пушака брже и јефтиније.

Међутим, грешке током склапања су мање вероватне да ће се појавити за време клонирања секвенцирањем клона. Дакле, има високу поузданост. Међутим, клонирање секвенцирањем пушком је релативно мање поуздана техника. Дакле, ово је такође значајна разлика између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем сачмарица.

Ниже инфо-графика представља више информација о разлици између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем сачмарица.

Преглед - клонирање клонским секвенцирањем против секвенце ватреног оружја

Резимирајући разлику између клона секвенцирањем клоном и секвенцирањем сачмарица, клон секвенцирањем клоном и секвенцирањем сачмарице две су методе секвенцирања генома. Међутим, клонирање техником секвенцирања клона укључује и мапирање генома и процес клонирања док клонирање секвенцирањем сачмарица то не чини. Дакле, ово је кључна разлика између клона секвенцирањем клона и секвенцирањем сачмарица. Пошто се мапирање генома одвија током клонирања секвенцирањем клона, грешке су мање вероватне да се појаве током састављања секвенци. Али клонирање секвенцирањем пушака много је бржи и јефтинији процес. Ипак, релативно је мање поуздан. Клонирање клонираним секвенцирањем био је пожељни метод секвенцирања током 'Пројекта хуманог генома'. Али савремени молекуларни биолог се више ослања на клоне секвенцирањем пушака.

Референце:

1. „Шта је клонирање по клону?“ Чињенице, Тим за јавно ангажовање у кампусу Веллцоме Геноме, 17. новембра 2014., доступан овде.
2. "Шта је секвенционирање пушке?" Чињенице, Тим за јавно ангажовање у кампусу Веллцоме Геноме, 17. новембра 2014., доступан овде.

Љубазношћу слике:

1. "Кораци молекуларног клонирања" написао Алекпицардал97 - сопствени рад, ЦЦ БИ-СА 4.0) преко Цоммонс Викимедиа
2. „Секвенцирање пушака лг“ Националног института за истраживање људског генома - Национални институти за здравље. Национални институт за истраживање људског генома „Говорећи речник генетских појмова.“ Преузето 17. новембра 2016. (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа