Разлика између секвенце Мицроарраи и РНА

Кључна разлика - Мицроарраи вс Секвенцирање РНА
 

Транскрипт представља целокупни садржај РНК који је присутан у ћелији укључујући и мРНА, рРНА, тРНА, деградирану РНК и, недеградирану РНА. Прописивање транскрипта важан је процес за разумевање увида у ћелију. Постоји неколико напредних метода за профилирање транскрипта. Мицроарраи и РНА секвенце су две врсте технологија развијених за анализу транскрипта. Кључна разлика између микроарраи-а и РНА-секвенце је та микроарраи се заснива на потенцијалу хибридизације унапред дефинисаних обележених сонди са циљаним цДНА секвенцама док се РНА секвенце заснива на директном секвенционисању цДНА ланаца напредним техникама секвенцирања као што је НГС. Мицроарраи се изводи са претходним сазнањима о секвенцама, а секвенција РНА се врши без претходног знања о секвенци.

САДРЖАЈ
1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је Мицроарраи
3. Шта је РНА секвенција
4. Упоредна упоредба - Мицроарраи вс РНА Секвенцирање
5. Резиме

Шта је Мицроарраи?

Мицроарраи је робусна, поуздана и висока пропусна метода коју користе научници за транскриптно профилирање. То је најпопуларнији приступ за анализу транскрипата. То је јефтина метода, која зависи од сонди хибридизације.

Техника започиње екстракцијом мРНА из узорка и изградњом цДНА библиотеке из укупне РНА. Затим се меша са флуоресцентно обележеним предвиђеним сондама на чврстој површини (тачкасти матрикс). Комплементарне секвенце хибридизирају се са обележеним сондама у микрорачуну. Затим се микро-низ испере и прегледа, а слика се квантификује. Прикупљени подаци требају бити анализирани како би се добили релативни профили експресије.

Претпоставља се да је интензитет сонди микрорачуна пропорционалан количини транскрипата у узорку. Међутим, тачност технике зависи од дизајнираних сонди, претходног познавања секвенце и афинитета сонди за хибридизацију. Стога технологија микрорачуна има ограничења. Мицроарраи техника се не може извести са транскриптима малог броја. Не успева да разликује изоформе и идентификује генетске варијанте. Пошто ова метода зависи од хибридизације сонди, неки проблеми у вези са хибридизацијом, као што су унакрсна хибридизација, неспецифична хибридизација итд., Јављају се у техници микрорастања.

Слика 01: Мицроарраи

Шта је РНА секвенција?

Редослед РНА пушке (Сегмента РНА) је недавно развијена цела техника секвенцирања транскрипта. То је брз и висок проток метода транскрипционог профилирања. То директно квантифицира експресију гена и резултира дубоком истрагом транскрипта. Слеђење РНА не зависи од унапред дефинисаних сонди или претходног познавања секвенци. Због тога, РНА сек метода поседује високу осетљивост и способност откривања нових гена и генетичких варијанти.

Метода секвенцирања РНА изводи се кроз неколико корака. Укупна РНА ћелије мора бити изолована и фрагментирана. Затим, користећи реверзну транскриптазу, мора се припремити цДНА библиотека. Сваки цДНА ланац мора бити повезан са адаптерима. Затим се везани фрагменти морају повећати и прочистити. Коначно, користећи НГС методу, мора се извршити секвенцирање цДНА.

Слика 02: Редослед РНА

Која је разлика између Мицроарраи и РНА секвенце?

Редослед Мицроарраи вс РНА
Мицроарраи је робустан, поуздан и висок проток.	Редослед РНА је тачан и висок пролазни метод.
Трошак
Ово је јефтина метода.	Ово је скупа метода.
Анализа великог броја узорака
То олакшава анализу великог броја узорака истовремено.	То олакшава анализу великог броја узорака.
Анализа података
Анализа података је сложена.	Овим методом се ствара више података; стога је поступак сложенији.
Претходно познавање секвенци
Ова метода се заснива на хибридизацијским сондама, па је потребно претходно познавање секвенци.	Ова метода не зависи од претходног знања о секвенци.
Структурне варијације и нови гени
Ова метода не може открити структуралне варијације и нове гене.	Ова метода може открити структурне варијације као што су спајање гена, алтернативно спајање и нови гени.
Осетљивост
Ово не може открити разлике у експресији изоформа, тако да ово има ограничену осетљивост.	Ово има високу осетљивост.
Исход
Ово може резултирати само релативним нивоима експресије. Ово не даје апсолутну квантификацију експресије гена.	Даје апсолутни и релативни ниво експресије.
Анализа података
Ово се мора поново успоставити како би се поново анализирала.	Подаци о секвенцирању могу се поново анализирати.
Потреба за одређеним особљем и инфраструктуром
Специфична инфраструктура и особље нису потребни за микроред.	Специфична инфраструктура и особље које је потребно секвенцирањем РНА.
Техничка питања
Мицроарраи техника има техничка питања као што су унакрсна хибридизација, неспецифична хибридизација, ограничена стопа детекције појединачних сонди итд..	РНА сек техника техником избегава техничка питања као што су унакрсна хибридизација, неспецифична хибридизација, ограничена стопа детекције појединачних сонди итд..
Биасес
Ово је пристрана метода с обзиром да зависи од хибридизације.	Пристраност је мала у поређењу са микрорезом.

Преглед - Мицроарраи вс Секвенцирање РНА

Мицроарраи и РНА методе секвенцирања су платформе високе пропусности развијене за транскриптно профилирање. Обе методе дају резултате који су у корелацији са профилима експресије гена. Међутим, РНА секвенцирање има предности у односу на микрорачуне за анализу генске експресије. РНА секвенцирање је осетљивија метода за детекцију транскрипата малог обиља од микрораста. Редослед РНА такође омогућава разлику између изоформа и идентификацију варијанти гена. Међутим, микрораширеност је уобичајени избор већине истраживача јер је секвенцирање РНА нова и скупа техника са изазовима за складиштење података и сложеном анализом података.

Референце:
1.Ванг, Зхонг, Марк Герстеин и Мицхаел Снидер. "РНА-Сек: револуционарно средство за транскриптомију." Натуре ревиевс. Генетика. Америчка национална медицинска библиотека, јануар 2009. Веб. 14. март 2017
2.Роглер, Цхарлес Е., Татиана Цхаиковскаиа, Ракуел Норел, Алдо Массими, Цхристопхер Плесциа, Еугени Рубасхевски, Паул Сиеберт и Леслие Е. Роглер. "РНА микрорачуни експресије (РЕМс), високопропусни метод за мерење разлика у експресији гена у различитим биолошким узорцима." Истраживање нуклеинских киселина. Окфорд Университи Пресс, 01. јануара 2004. Веб. 15. март 2017
3.Зхао, Сханронг, Ваи-Пинг Фунг-Леунг, Антон Биттнер, Карен Нго и Ксуејун Лиу. „Поређење РНА-Сек и Мицроарраи у транскриптном профилирању активираних Т ћелија.“ ПЛОС ОНЕ. Јавна библиотека науке, јануар 2014. Веб. 15. март 2017

Љубазношћу слике:
1. “Јоурнал.пцби.1004393.г002” написали су Малацхи Гриффитх, Јасон Р. Валкер, Ницхолас Ц. Спиес, Бењамин Ј. Аинсцоугх, Оби Л. Гриффитх - (ЦЦ БИ 2.5) виа Цоммонс Викимедиа
2. "Мицроарраи" Билла Брансона (фотографа) - Националног института за рак (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа