Разлика између ПЦР прајмера и секвенцијалног прајмера

Кључна разлика - ПЦР Примерс вс Секвенцирање Прајмери
 

Са недавним достигнућима у области молекуларне биологије, развијене су различите генетске технике које су олакшале и тачне истраживачке процесе различитих путева. ПЦР и други поступци секвенцирања су две важне такве технике. Користе различите поткомпоненте. Прајмери ​​се сматрају главном подкомпонентом заједничком и ПЦР и техникама секвенце. ПЦР прајмери ​​се користе за амплификацију одређене ДНК секвенце док су сизједначавајући прајмери ​​се користе у контексту секвенцирања фрагмента ДНК са намером да открију његов специфични редослед нуклеотидне секвенце. Ово је кључна разлика између ПЦР прајмера и секвенцирања прајмера.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта су ПЦР прајмери
3. Шта су секвенцијални прајмери
4. Сличности између ПЦР прајмера и секвенционирања прајмера
5. Упоредна упоредба - ПЦР прајмери ​​и секвенцијални прајмери ​​у табеларном облику
6. Резиме

Шта су ПЦР прајмери?

Ланчана реакција полимеразе (ПЦР) је генетска техника која се користи у пољу молекуларне биологије да би се повећала једна или неколико копија одређеног ДНК сегмента и да би се добило више милиона идентичних примерака. У ПЦР реакцији користе се различите компоненте, укључујући прајмере. Примери су кратки ланци ДНК са нуклеотидном дужином од 18-25, што их чини компатибилним са почетним и крајњим делом ДНК фрагмената који ће се амплификовати. Прајмери ​​могу бити прајмер и обрнути прајмер. Ови прајмери ​​се вежу за фрагмент ДНК на одређеним тачкама где се ДНК полимераза везује за специфични прајмер на тој локацији и покреће синтезу новог ланца ДНК.

Избор прајмера је важан аспект ПЦР процеса. Избор дужине прајмера је важан. Идеална дужина би била 18-25 нуклеотида. Ако је дужина прекратка или предуга, прајмери ​​се неће везати за ДНК секвенцу како би се тачно појачала. Прекратки прајмери ​​доводе до неспецифичног жарења прајмера на различитим локацијама ДНК секвенце.

Слика 01: ПЦР прајмери

Садржај гванина и цитозина (ГЦ) у добром прајмеру треба да буде у опсегу од 40 до 60. Температура паљења прајмера и температура топљења су витални фактори током ПЦР-а. Температура топљења требало би тачно израчунати, а температуру жарења прајмера 5 ⁰Ц нижа од температуре топљења. Температура топљења треба да буде 60 ° Ц и 75 ° Ц. Превисоке или прениске температуре ће резултирати са мање активном активношћу ДНК полимеразе.

Шта су секвенцијални прајмери?

Секвенцијски прајмери ​​се користе у контексту секвенцирања ДНК фрагмента са намером да се открива његов специфични идентитет. За постизање добрих резултата секвенцирања важни су висококвалитетни прајмери ​​и предлошке. Према томе, када се изаберу прајмери, они би требали бити јединствени за одређену регију у којој желимо секвенцирати. Такође би требало да буде тачне оријентације где секвенце обично настају са 3 'до 5' крајева прајмера. Секвенци би требало да недостаје непожељна ауто-хибридизација као што је формирање петљи за укоснице. Не треба да садржи узастопно формирање гванинских база.

Температура топљења прајмера (Тм) мора бити погодна условима секвенцирања. Стога би требао лежати између 52^оЦ и 74^оЦ. Припрема олигонуклеотида који ће се користити као прајмер треба да се прочисти да би се добила жељена целовита дужина секвенце. Ако олигонуклеотиди садрже нечистоће, сигнализација секвенце прајмера ће се наносити са различитих места прајмирања, а такође ће се смањити број базних ћелија..

Слика 02: Секвенцирање прајмера

Температура топљења прајмера (Тм) олигонуклеотида одређује колико су снажни комплементарни ланци ДНК хибридирани једни са другима. Тм се може сматрати термодинамичким прорачуном где је зависно од секвенце ДНК и неколико услова, као што је концентрација соли. Тм је важан током ПЦР-а где се користи варијанта која се назива секвенцирање циклуса да се добије група фрагмената окончаних дидеоксинуклеотидом. Овде ће прајмер који је секвенционисан првобитно бити запечен, а затим продужен и на крају денатуриран ради амплификације. Стога би вриједност Тм требала бити између 52^оЦ и 74^о Ц. Синтетизовани олигонуклеотиди се могу добити по лабораторијама за синтезу ДНК / РНК. Мала скала синтезе која се користи за секвенцирање ДНК обично је 50 нмол. Такође најважније је да се прајмери ​​који се користе за секвенцирање очисте тако да не садрже нечистоће које ће спречити смањење квалитета.

Које су сличности између ПЦР прајмера и секвенцијалних прајмера?

• И ПЦР прајмери ​​и секвенционирајући примери су прајмери ​​који се користе у процесу амплификације циљане ДНК секвенце.
• И ПЦР прајмери ​​и секвенционирајући примери се састоје од нуклеотида.
• И ПЦР прајмери ​​и секвенционирајући примери су кратки олигомери.

Која је разлика између ПЦР прајмера и секвенцијалних прајмера?

ПЦР Примери вс Секвенционирање прајмера
ПЦР прајмери ​​су кратки ланци ДНК, са дужином нуклеотидне секвенце 18-25, што их чини компатибилним са почетним и крајњим делом ДНК фрагмената који ће се амплификовати.	Секвенцијални прајмери ​​су кратки олигомери који се користе у контексту секвенцирања фрагмента ДНК са намером да открију његов специфични идентитет.
Функција
ПЦР прајмери ​​се користе за амплификацију одређене ДНК секвенце.	Секвенцијски прајмери ​​се користе у контексту секвенцирања ДНК фрагмента са намером да се открива његов специфични идентитет.
Број потребних прајмера
Два прајмера; један предњи прајмер и један обрнути прајмер се користе као ПЦР прајмери.	Потребан вам је само један темељни премаз као секвенцијални прајмер.

Резиме - ПЦР Примерс вс Секвенцирање Прајмери

Секвенцијски прајмери ​​се користе у контексту секвенцирања ДНК фрагмента са намером да се открива његов специфични идентитет. Један прајмер за секвенцирање бит ће довољан да покренете поступак. За постизање добрих резултата секвенцирања важни су висококвалитетни прајмери ​​и предлошке. Према томе, када се изаберу прајмери, они би требали бити јединствени за одређену регију у којој желимо секвенцирати. ПЦР прајмери ​​су кратки ланци ДНК, дужине нуклеотида од 18-25, што је компатибилно са почетним и крајњим делом ДНК фрагмената који треба да се ампликују. ПЦР прајмери ​​могу бити прајмер и обрнути прајмер. Садржај гванина и цитозина (ГЦ) у добром прајмеру треба да буде у опсегу од 40 до 60. Температура паљења прајмера и температура топљења су витални аспекти током ПЦР-а. Ово је разлика између ПЦР прајмера и секвенцирања прајмера.

Референце:

1. "Ланчана реакција полимеразе (ПЦР)." Академија Кан. Доступно овде
2. "Секвенцирање прајмера и дизајна прајмера." Секвенцирање темељних премаза и дизајн прајмера | Универзитетске основне ДНК услуге | Университи оф Цалгари Доступно овде    

Љубазношћу слике:

1.'Примерс РевЦомп'Би Зепхирис - сопствени рад, (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа 
2.'ДНА Секуенцин 3 методе обележавања 'Абизар (оригинал уплоадер) на енглеској Википедији - Преноси Густавоцарра., (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа