Протоцхордата и Еуцхордата су две главне групе Пхилум Цхордата; према томе, пре него што научимо разлику између Протохордата и Еуцхордата, прво да укратко размотримо Цхордата. Хордати су најнапреднија и вероватно најпознатија група организама у целом животињском царству, укључујући људе. Они су билатерални, деутеростомиални еукоеломати. Најважније карактеристике хордата укључују присуство дорзалних шупљих нервних жица, нотокорда и фарингеалних шкржних прореза. Ове особине су присутне у свим хордама у било којој фази њиховог живота. Остале напредне карактеристике које помажу да хордати доминирају над другом Пхилом су присуство живог ендоскелета, ефикасно дисање, ефикасна циркулација и централизовани нервни систем. Постоје три главне подфиле које се налазе у Пхилум Цхордата, наиме; Уроцхордата, Цепхалоцхордата и Вертебрата. Од ове три, прве две подфиле колективно се називају Протоцхордата, што укључује ниже / примитивне хорде. Вертебратес су класификовани као еуцхордатес који укључују више корда.
Протохордати се састоје од организама који су под категоризацијом Субфила Уроцхордата и Цепхалоцхордата. Протохордати су који се такође називају Ацраниата, због недостатак главе и кранија. Ови организми су изузетно морски и имају тела мале величине.
Еукордати су виши хорди који укључују и животиње Субпхила Вертебрата. За разлику од протохордата, еухордати имају истакнуту главу и лобању, отуда звани Цраниата. Субфила вертебрата је подељена у две групе; (а) Агнатха, што укључује животиње којима недостају праве чељусти и упарени додаци и (б) Гнатхостомата, што укључује кичмењаке са правом чељусти и упареним додацима.
• Протохордати се називају и Ацраниата због недостатка главе и лобања. Еуцхордатес се зову Цраниата због присуства главе и лобање.
• Протохордати су искључиво морски са малим телима, док се еукордати налазе и у воденим и копненим стаништима и имају тела велике величине.
• Еуцхордатес имају добро развијену главу и егзоскелет са 2 пара додатака. Међутим, протохордатима недостају прилози и егзоскелет.
• Протохордати имају ентерокоелни колом, док еукордати имају шизокоелни колом.
• Протохордатима недостаје кичмени стуб, за разлику од еукордата.
• За разлику од протохордата, нотохорд је прекривен или замењен вертебралним ступом у еукордатима.
• Протохордати имају гркљан са трајним шкргама. Ждребни жлебови еухордата остају или нестају.
• Протохордати имају мање коморе, али еукордати имају срца са коморама (2 до 4 коморе).
• У протохордатима бубрези садрже протонефридију, док у еукордатима бубрези садрже мезо- или метанефридије.
• Репродукција протохордата је сексуална или асексуална, док је еукордата увек сексуална.
• Гонодукти су обично одсутни у протохордама, док су увек присутни у еукордатима.
• Код еукордата развој је индиректан или директан, са или без ларве стадијума, док је код протохордата развој индиректан са личинком ларве у слободном пливању.
Љубазношћу слика: