Разлика између секвенционирања пушке и секвенционирања нове генерације

Тхе кључна разлика Између секвенцирања пушака и секвенцирања следеће генерације је то секвенцирање сачмарице је метода секвенцирања која случајним поступком разбија ДНК секвенце на много малих фрагмената и поново саставља низ посматрајући подручја која се преклапају, док је следећа секвенција следеће генерације (НГС) напредна метода генетског секвенцирања која зависи од капиларне електрофорезе.

Секвенцирање је процес који одређује тачан редослед нуклеотида у гену, грозд групе, хромозома и комплетан геном. Веома је важно у генским студијама, форензичким студијама, вирологији, биолошком систематском, медицинском дијагнози, биотехнологији и многим другим областима анализирати структуру и функцију гена и идентификацију организама. Поред тога, доступне су различите врсте секвенцирања. Секвенцирање пушке и секвенционирање нове генерације су две напредне методе.

САДРЖАЈ

1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је секвенционирање пушке 
3. Шта је секвенционирање нове генерације
4. Сличности између секвенционирања пушке и секвенционирања нове генерације
5. Упоредно упоређивање - Секвенцирање пушке и Секвенционирање нове генерације у табеларном облику
6. Резиме

Шта је секвенционирање пушака?

Секвенцирање пушака је метода секвенцирања која насумично разбија ДНК секвенце целог хромозома или читавог генома на много малих фрагмената и поново саставља секвенце помоћу рачунара посматрајући преклапајуће секвенце или регионе. Генерално, геноми сисара су структурно сложени и веће величине. Дакле, тешко их је секвенционирати клонирањем, јер то захтијева много времена. Секвенцирање пушака је бржи метод. Такође је јефтиније обављати. Стога се савремени научници ослањају на методу секвенцирања пушака у циљу решавања сложених генома.

Слика 01: Секвенцирање пушке

Поступак секвенцирања пушке је релативно једноставан. Почиње са фрагментацијом целог генома у различите величине од 20-килограмских до 300-килограмских база. Затим би сваки фрагмент требало да буде секвенциониран методом прекида ланца. Након секвенцирања, потребно је саставити фрагменте прегледавањем преклапајућих региона користећи софистицирани рачунарски софтвер. Конвенционално мапирање и клонирање секвенци нису неопходни за ову методу. Даље, употреба генетске мапе се не одвија у овој методи. Међутим, с обзиром да не постоји употреба постојећих мапа генома, вероватније је да ће доћи до грешака током састављања. То је један од главних недостатака ове методе. Поред тога, краћи фрагменти дају мање јединствене информације за свако читање у овој методи. Штавише, редослед пушака не пружа довољно података за одређивање консензусне секвенце на траженом стандарду тачности.

Иако има горе поменуте недостатке, метода секвенцирања сачмарица тренутно је најефикаснија и најисплативија стратегија за секвенцирање микробних генома, укључујући бактерије, вирусе и квасце. То је зато што њиховим генима недостају понављајуће регије које је тешко секвенцирати, а могуће је лако саставити ове геноме у хромозоме без грешака.

Шта је секвенционирање нове генерације?

Следећа генерација секвенционирања (НГС) је термин који се користи за означавање модерних процеса секвенцирања велике пропусности. Описује низ различитих модерних технологија секвенцирања које су револуционирале геномске студије и Молекуларну биологију. Ове технике укључују секвенце Иллумина, Роцхе 454, Ион Протон секвенцирање и СОЛиД (Секуенцинг би Олиго Лигатион Детецтион) секвенцирање. НГС системи су бржи и јефтинији. Четири главне методе секвенцирања ДНК користе се у НГС системима: пироцевенирање, секвенцирање синтезом, секвенцирање лигацијом и секвенцирање ионског полуводича. Велики број ДНК или РНА ланаца (милиони) могу се паралелно секвенцирати НГС-ом. Омогућује секвенцирање целог генома организма у кратком временском периоду.

Слика 02: Редослед следеће генерације

НГС има различите предности. То је брзи, тачнији и економичнији процес који се може извести с малом величином узорка. Дакле, омогућава анализу целокупног људског генома у једном експерименту секвенцирања. Поред тога, НГС се може користити у метагеномским студијама, у детекцији варијација унутар појединачног генома услед уметања и брисања, итд., И у анализи генских експресија. Штавише, НГС може истовремено да анализира целе транскрипте из великог броја ткива. Дакле, НГС је извршио револуцију у анализи транскрипата.

Које су сличности између секвенционирања пушке и секвенционирања нове генерације?

• Секвенцирање пушке и секвенција нове генерације су две методе секвенцирања генома.
• Обе методе су брзе методе.
• Штавише, то су исплативе методе.
• Они су у стању да паралелно секвенционишу многе фрагменте ДНК.

Која је разлика између секвенце пушке и секвенционирања нове генерације?

Секвенцирање пушака и секвенцирање следеће генерације су две напредне технике секвенцирања. Метода секвенцирања пушке насумично разбија ДНК секвенце целог хромозома или читавог генома на много малих фрагмената и поново саставља секвенце од стране рачунара посматрајући преклапајуће секвенце или регионе. Супротно томе, секвенционирање нове генерације (НГС) је термин који се односи на модерне процесе секвенцирања високе пропусности. Дакле, ово је кључна разлика између секвенцирања пушака и секвенцирања следеће генерације. Даље, секвенционирање нове генерације је техника која зависи од капиларне електрофорезе, док секвенционирање пушке не зависи од тога. Дакле, ово је такође разлика између секвенце хитаца и секвенцирања следеће генерације. Штавише, у поређењу са секвенционисањем пушака, следеће генерације су врло осетљиве и врло тачне .

Резиме - Секвенцирање пушке према секвенцирању следеће генерације

Секвенцирање пушке и секвенција нове генерације су две методе секвенцирања које се користе у секвенцирању генома. Обе методе су брзе и економичне методе. НГС делује на принципу секвенцирања милиона секвенци истовремено на брзи начин кроз систем секвенцирања. Супротно томе, секвенционирање сачмарица захтева разбијање генома на мале фрагменте и секвенцирање и поновно састављање користећи секвенце које се преклапају. Дакле, ово резимира разлику између секвенцирања пушака и секвенцирања следеће генерације.

Референце:

1. „Сложени геноми: Секвенцирање пушака“ Новости о природи, Група за издавање природе, доступне овде.
2. Бехјати, Сам и Патрицк С Тарпеи. „Шта је следећа генерација?“ Архива болести у детињству. Образовање и пракса издања, БМЈ Публисхинг Гроуп, децембар 2013., доступно овде.

Љубазношћу слике:

1. „Секвенцирање пушака са целим геномом наспрам хијерархијског секвенцирања сачмарица“ Би Цомминс, Ј., Тофт, Ц., Фарес, М. А. - „Методе рачунске биологије и њихова примена у упоредној геномики ендоцелуларних симбиотских бактерија инсеката.“ Биол. Процеси на мрежи (2009). Приступљено путем СпрингерИмагес (ЦЦ БИ-СА 2.5) преко Цоммонс Викимедиа
2. “ХиСек 2000” аутора РЕ73 - Властити рад (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа