Разлика између СИБР Греен-а и Такмана

Кључна разлика - СИБР Греен вс Такман
 

СИБР Греен и Такман су две методе које се користе за откривање или гледање процеса амплификације ПЦР-а у реалном времену. СИБР Греен је метода која се заснива на интеркалирању бојења нуклеинске киселине, док је Такман метода заснована на сонди за хидролизу. Обе технологије су дизајниране да генеришу флуоресценцију током ПЦР-а, што омогућава ПЦР машини у реалном времену да надгледа реакцију у „реалном времену“. СИБР Греен метода се изводи употребом флуоресцентне боје зване СИБР греен и детектује амплификацију везањем боје за произведену дволанчану ДНК. Такман се изводи помоћу сонди са двоструком ознаком и детектује амплификацију деградацијом сонде помоћу Так полимеразе и ослобађањем флуорофора. Ово је кључна разлика између СИБР Греен-а и Такмана.

САДРЖАЈ
1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је СИБР Греен
3. Шта је Такман
4. Упоредна упоредба - СИБР Греен вс Такман
5. Резиме

Шта је СИБР Греен?

СИБР Греен је флуоресцентна боја која се користи за бојење нуклеинских киселина, посебно дволанчане ДНК у Молекуларној биологији. СИБР Греен метода користи се за квантификацију ПЦР производа током ПЦР у стварном времену. Једном када се веже са ДНК, резултирајући комплекс боја-ДНК апсорбује плаву светлост и емитује интензивну зелену светлост. То се догађа услед структурне промене која се јавља у молекули бојила након везивања са дволанчаном ДНК. Када ПЦР ствара све више ДНК, више молекула боје се веже са ДНК, стварајући више флуоресценције. Због тога се флуоресценција повећава са накупљањем ПЦР производа. Отуда се количина ПЦР производа може квантитативно мерити СИБР Греен флуоресценце детекцијом.

СИБР зелена боја такође се може користити за обележавање ДНК у цитометрији и флуоресцентној микроскопији. Етидијев бромид успешно је замењен СИБР Греен јер је Етхидиум бромид канцерогена боја са проблемима одлагања током визуелизације ДНК у електрофорези гела.

Постоје предности и недостаци зелене методе СИБР. Ова метода је веома осетљива, јефтина и лака за употребу. Међутим, због његове способности да се веже за било коју дволанчану ДНК, неспецифично везивање може довести до превелике квантификације ПЦР производа.

Слика 01: СИБР Зелена техника

Шта је Такман?

Такман је алтернативна метода СИБР Греен-у за надгледање ПЦР процеса у реалном времену. Ова метода зависи од активности 5 '- 3' егзонуклелеме ензима Так полимеразе ради разградње сонди током продужења новог ланца и ослобађања флуорофора. Двоструко обележене сонде користе се у овој методи и засноване су на хидролизи сонди. Сонде су флуоресцентно обележене ДНК олигонуклеотиди који имају флуоресцентни репортерски молекул (флуорофор) на 5 'крају и угаси молекул на 3' крају. Дизајнирани су тако да се вежу за једноструки прамен образац на супротној страни примера. Так полимераза додаје нуклеотиде прајмеру и проширује нову струку према двоструко обележеним сондама. Једном када Так полимераза задовољи сонду, деловање ексонуклеазе Так полимеразе активира и деградира сонду. Једном када заврши синтезу новог ланца, сонда се подвргава потпуној разградњи и ослобађа флуорофор. Ослобађање флуорофора ствара флуоресценцију. Флуоресцентни Куенцхер молекул ефикасно угашава емитирану светлост и ствара излаз за квантификацију ПЦР производа. Ослобађање флуорофора и количина ПЦР производа су пропорционални. Стога се квантификација може лако извршити Такман-овом методом.

Слика 02: Такман метода

Такман-ова метода се користи у ПЦР реалном времену, квантификација експресије гена, детекција генетских полиморфизама, квантификација делеција хромозомске ДНК, идентификација бактерија, верификација анализе микрорачуна, СНП генотипизација итд..

Која је разлика између СИБР зелене и Такмана?

СИБР Греен вс Такман
СИБР Греен заснован на боји за везивање ДНК.	Такман зависи од хибридизационих сонди и 5 'до 3' активности ексонуклеазе Так полимеразе.
Сонде са флуоресцентном ознаком
Нису потребне сонде са флуоресцентном етикетом.	Потребне су двоструко означене сонде.
Мултиплек анализа гена
Не може се користити за мултиплекс генских циљева.	Може се користити за мултиплекс генске мете.
Трошак
Ово је мање скупо.	Ово је скупље.
Специфичност
Ово је мање специфично и веже се са било којом ДНК са двоструким ланцем	Они су врло специфични јер сонде откривају специфичне производе за појачавање.
Ефикасност
Ово је мање ефикасно.	Ово је веома ефикасно.
Апликација
Користи се за ПЦР у реалном времену, визуализацију агарозног гела, обележавање ДНК итд.	Ово се користи у ПЦР реалном времену, квантификација експресије гена, детекција генетских полиморфизама, итд.

Резиме - СИБР Греен анд Такман

Такман и СИБР зелена су две методе које се користе у ПЦР-у у реалном времену (квантитативни ПЦР). Обе методе омогућавају ефикасно квантификовање ПЦР производа и ослањају се на емисију флуоресценције. Такман метода користи двоструко обележене сонде за детекцију нагомилане ДНК, док СИБР Греен метода користи флуоресцентно бојило. Обе ове методе такође имају различите примене у молекуларној биологији.

Референце:
1. Тајадини, Мохамад Хасан, Мојтаба Пањехпоур и Схагхаиегх Хагхјоои Јаванмард. „Поређење метода СИБР Греен и ТакМан у квантитативној анализи ланчане реакције полимеразе у реалном времену четири подтипа рецептора аденозина.“ Напредна биомедицинска истраживања. Медкнов Публицатионс & Медиа Пвт Лтд, 2014. Веб. 13 мар. 2017.
2. "Основни принципи ПЦР у реалном времену." ПЦР у реалном времену, квантитативни (кПЦР), прајмери ​​и мастермикси: Примердесигн Лтд. Н.п., н.д. Веб. 13 мар. 2017.
3. „Зелена СИБР и друге ПЦР боје у реалном времену.“ Биоцомпаре. Н.п., 05. април 2010. Веб. 14. март 2017

Љубазношћу слике:
1. "ПЦР са СИБР зеленим" На -Игонаар 23:09, 7. марта 2006 (УТЦ) - Граф је креирао Игонаар са Повер Поинт-ом, ЦЦ БИ-СА 3.0, хттпс://цоммонс.викимедиа.орг/в/ индек.пхп? цурид = 619528
2. „Такман“ од корисника: Браиндамагед - Властито дело (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа