Разлика између РТ ПЦР и КПЦР

Кључна разлика - РТ ПЦР у односу на КПЦР
 

Ланчана реакција полимеразе је техника која се користи за амплификацију одређеног подручја ДНК ин витро. На основу проналаска ове технике од стране Кариа Муллиса 1983. године, научници су у могућности да направе хиљаде до милион примерака специфичних фрагмената ДНК у истраживачке сврхе. Тренутно је то постала уобичајена и рутински изведена техника у клиничким и истраживачким лабораторијама за широку употребу. Постоје варијације традиционалне ПЦР технике као што су РТ ПЦР, угнијежђени ПЦР, мултиплексни ПЦР, К ПЦР, РТ - КПЦР, итд. РТ ПЦР и К ПЦР су двије важне варијације ПЦР. Кључна разлика између РТ ПЦР и К ПЦР је та РТ ПЦР се користи за откривање експресије гена стварањемкомплементарни ДНК (цДНА) транскрипте из РНА док К ПЦР се користи за квантитативно мерење ПЦР производа у реалном времену помоћу флуоресцентних боја.

САДРЖАЈ
1. Преглед и кључне разлике
2. Шта је РТ ПЦР
3. Шта је КПЦР
4. Упоредна упоредба - РТ ПЦР вс КПЦР
5. Резиме

Шта је РТ ПЦР?

Ланчана реакција реверзне транскрипције полимеразом (РТ ПЦР) је варијанта ПЦР која се користи за откривање РНА експресије. То је веома важна метода за откривање експресије мРНА у ткивима. РТ ПЦР се користи када је полазни материјал узорка РНА. У РТ ПЦР, мРНА предлошка се прво претвара у комплементарну ДНК. Овај корак катализира ензимска реверзна транскриптаза и поступак је познат као реверзна транскрипција. Друго, традиционални ПЦР се користи за ново синтетизовану цДНА за амплификацију.

РТ ПЦР је веома осетљива техника која захтева релативно малу количину узорка РНА. РТ ПЦР се обично користи у дијагностици и квантификацији РНА врста, посебно РНА вируса попут вируса хумане имунодефицијенције и вируса хепатитиса Ц.

Слика 01: РТР техника

Шта је КПЦР?

Квантитативни ПЦР (КПЦР) је варијанта ПЦР која се користи за квантитативно мерење ПЦР производа. Назива се и ланчаном реакцијом полимеразе у реалном времену јер мери појачавање у стварном времену помоћу ПЦР машине у реалном времену. То је погодна метода за одређивање количине циљне секвенце или гена присутног у узорку. Занимљива карактеристика КПЦР-а је да он комбинира и појачавање и истинску квантификацију у један корак. Стога се потреба за електрофорезом гела у откривању може отклонити КПЦР техником. КПЦР користи флуоресцентне боје за означавање ПЦР производа током ПЦР реакција које на крају доводе до директне квантификације. Када се ПЦР производи акумулирају, флуоресцентни сигнали се такође акумулирају и мере их машином у реалном времену. КПЦР се може комбиновати са РТ ПЦР. Познат је као РТ - КПЦР или КРТ - ПЦР и сматра се најмоћнијом, осетљивом и квантитативном методом за детекцију нивоа РНА у ћелијама или ткивима.

СИБР Греен и Такман су две методе које се користе за откривање или гледање процеса амплификације ПЦР-а у стварном времену. СИБР Греен метода се изводи коришћењем флуоресцентне боје зване СИБР греен и детектује амплификацију везањем боје за производњу дволанчане ДНК. Такман се врши помоћу сонди са двоструком ознаком и детектује амплификацију деградацијом сонде помоћу Так полимеразе и ослобађањем флуорофора као што је приказано на слици 02. Обе методе надгледају напредак процеса амплификације и извештавају о количини производа у реалном времену.

ПЦР у реалном времену има широку палету примена као што су квантификација гена експресије, микроРНА и некодирајућа РНА анализа, СНП генотипизација, детекција варијанти броја копија, детекција ретких мутација, детекција генетски модификованих организама, детекција инфективних узрочника, итд..

Слика 02: Квантитативна ПЦР техника

Која је разлика између РТ ПЦР и КПЦР?

РТ ПЦР вс КПЦР
РТ ПЦР је техника која се користи за детекцију експресије гена амплификацијом.	КПЦР је техника која ампликује ДНК и квантификује ПЦР производе у реалном времену.
Укључивање ензима обратне транскриптазе
Ензимска реверзна транскриптаза се користи за РТ ПЦР.	Ензимска реверзна транскриптаза се не користи за КПЦР.
Употреба молекула флуоресцентно обележених
Флуоресцентно означене боје или сонде се не користе за РТ ПЦР.	За КПЦР се користе флуоресцентно означене боје или сонде.
Квантификација ПЦР производа
Ако није у комбинацији са КПЦР-ом, РТ ПЦР не квантифицира ПЦР производ.	КПЦР квантитативно мери ПЦР производ.
Почетни материјал
Полазни материјал је мРНА.	Полазни материјал је ДНК.
Синтеза цДНА
Комплементарна ДНК се производи током РТ ПЦР.	Комплементарна ДНК се не производи током КПЦР.

Резиме - РТ ПЦР вс КПЦР

РТ ПЦР и КПЦР су две верзије традиционалног ПЦР-а. РТ ПЦР техника се изводи за узорке мРНА и она се покреће реверзном транскрипцијом и производњом цДНА. КПЦР се користи за квантификацију ПЦР производа током ПЦР топлотних циклуса у стварном времену, користећи флуоресцентне боје или обележене сонде. У КПЦР-у, количина ПЦР производа представљена је емитираним флуоресцентним сигналима узорка. РТ ПЦР се популарно користи као процес амплификације док се КПЦР обично користи као поступак квантификације. Ово је разлика између РТ ПЦР и КПЦР.

Референце:
1. Деепак, СА, КР Коттапалли, Р. Раквал, Г. Орос, КС Рангаппа, Х. Ивахасхи, И. Масуо и ГК Агравал. "ПЦР у стварном времену: Револуционаризација детекције и анализе експресије гена." Тренутна Геномика. Бентхам Сциенце Публисхерс Лтд., јуни 2007. Веб. 03. април 2017
2. Зека, Фјоралба, Катриен Вандерхеиден, Елс Де Смет, Цлауде А. Цувелиер, Пиетер Местдагх и Јо Вандесомпеле. „Анализа експресије гена ФФПЕ на бази непосредне и осетљиве РТ-кПЦР“. Натуре Невс. Натуре Публисхинг Гроуп, 22. фебруар 2016. Веб. 03. април 2017
3. Овербергх, Л., А. Гиулиетти, Д. Валцкк, Б. Децаллонне, Р. Боуиллон, Ц. Матхиеу. „Употреба ПЦР-а за повратну транскриптазу у реалном времену за квантификацију експресије гена цитокина.“ Часопис за биомолекуларне технике: ЈБТ. 2003. Удружење објеката за биомолекуларне ресурсе. Веб. 03. април 2017

Љубазношћу слике:
1. „Такман“ од корисника: Браиндамагед - сопствени рад првобитног учитавача (Публиц Домаин) преко Цоммонс Викимедиа
2. "ланчана реакција реверзне транскрипције полимеразом" написао Јпарк623 - Властити рад (ЦЦ БИ-СА 3.0) преко Цоммонс Викимедиа