У прошлости, арцхаеа су класификовани као бактерије и били су позвани архебактерија. Али откривено је да археје имају различиту еволуциону историју и биохемију у поређењу са
Све до средине 20. века биолози су жива бића класификовали као биљку или животињу. Али овај систем није успео да прими гљивице, протеисте и бактерије. Тако се до 1970-их систем класификације развио у оно што је било познато под називом Пет краљевстава - прокариоти (бактерије) и еукариоти (биљке, животиње, гљивице, протисти). За еукариоте је карактеристично присуство нуклеуса, цитоскелета и унутрашњих мембрана у њиховим ћелијама.
У касним 1970-има др. Царл Воесе и његове колеге са Универзитета у Иллиноису идентификовали су групу микроорганизама чија се генетска структура знатно разликовала од осталих бактерија. Тако су поделили прокариотски живот у оно што су звали арцхаеабацтериа и еубактерије. Међутим, касније су закључили да су "архебабактерије" довољно различите да уопште не буду бактерије. Тако су групе преименоване у арцхаеа и бактерије.
Дрво живота које приказује класификацију свих живих организама.И археје и еубактерије су сличних облика и величине. Обоје су пронађени у облику штапова, кока, спирала, плоча или намотаних.
Општа ћелијска структура археје и бактерија је иста, али састав и организација неких структура се разликују од археја. Слично бактеријама, археје немају унутрашњу мембрану, али обе имају ћелијску стијенку и користе флагеле за пливање.
Архее се разликују по томе што њихова ћелијска стијенка не садржи пептидогликан и ћелијска мембрана користи липидне липиде за разлику од липида повезаних са бактеријама.
Арцхаеа флагелла еволуирала је из бактеријског пилија типа ИВ, док је бактеријска флагелла еволуирала из система секреције типа ИИИ. Бактеријски флагела је попут стабљике која је шупља и састављена је од подјединица које се слободно крећу према централној пора додајући на врх флагела, док се у археји подјединице флагела додају у базу.
Арцхаеа репродуцирају се асексуално процесом бинарне фисије, пупољка и фрагментације. Еубактерије размножавају се асексуално путем бинарне фисије, пупољка, фрагментације, али еубактерије имају јединствену способност да формирају споре како би током година остале мирне, особина коју Арцхаеа не показује. Раст бактерија следи у три фазе, фаза кашњења када се ћелије прилагођавају новом окружењу, лог фазна обележавања експоненцијални раст и стационарна фаза када се храњиве материје истроше.
Арцхаеа може преживјети у екстремним и оштрим окружењима попут врућих извора, сланих језера, мочварних подручја, океана, цријева преживача и људи. Еубактерије су свеприсутне и налазе се у тлу, врелима, радиоактивним отпадним водама, земљиној кори, органским материјама, телима биљака и животиња итд..